预先进程

DOI：10.18129 / b9.bioc.precisetad.

精确的TAD边界预测机器学习框架

Bioconductor版本：释放（3.13）

预筛提供了预测基础级别分辨率的拓扑相关域（TADS）和染色质循环的边界位置的功能。作为输入，它需要从低分辨率Hi-C数据检测到的域边界的床形式坐标，以及来自编码或其他联盟的高分辨率基因组注释的坐标。Precisetad采用多个特征工程策略和重采样技术来解决类别不平衡，并列举优化的随机林模型，用于预测低分辨率域边界。在基础上翻译，PrecetEtad预测每个基本的概率是边界。基于密度的聚类和可扩展的分区技术用于检测精确的边界区域和峰值点。与低分辨率边界相比，对CTCF，RAD21，SMC3和ZNF143信号高度富集的前德界限，并且横跨细胞系更加保守。预先训练的模型可以使用CTCF，RAD21，SMC3和该细胞系的注释数据准确地预测另一个细胞系中的边界。

作者：Spiro Stilianoudakis [Aut，Cre]，Mikhail Dozmorov [Aut]

维护者：螺斯蒂利亚德克斯<斯蒂安德斯汽车vcu.edu>

安装

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细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.2.0
在生物导体中以来	BIOC 3.12（R-4.0）（0.5岁）
执照	mit +文件执照
依靠	r（> = 4.0.0）
进口	S4Vectors.那绞喉那Genomicranges.那随机林那ModelMetrics.那E1071.那PRROC.那司那招待器，实用，簇那DBSCAN.那Dosnow.那Foreach.那pbapply.，统计，并行，统计数据
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.那testthat.那bioccheck.那Biocmanager.那生物焦
系统要求
加强
URL.	https://github.com/dozmorovlab/precisetad.
Bugreports.	https://github.com/dozmorovlab/precisetad/issues.
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包档案包

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源包	precisetad_1.2.0.tar.gz.
Windows二进制文件	precisetad_1.2.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	precisetad_1.2.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/precisetad.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/预缩醛
包短网址	https://biocumon.org/packages/precisetad/
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