profileplyr

DOI:10.18129 / B9.bioc.profileplyr

用profileplorer在基因组范围内读取信号的可视化和注释

Bioconductor版本:发行版(3.13)

基因组间隔上读取信号的快速直观可视化是从测序数据集(例如ChIP-seq, ATAC-seq，亚硫酸氢盐/甲基-seq)生成假设的关键。R和Bioconductor内部和外部的许多工具都可以用于探索这些类型的数据，它们通常从bigWig或BAM文件开始，以信号的一些表示形式结束(例如，热图)。profileplorer利用了许多Bioconductor工具，以实现以读取信号可视化为结束的工作流的灵活性和附加功能。

作者:汤姆·卡罗尔和道格·巴罗斯

维护人员:Tom Carroll ， Doug Barrows < Doug。巴罗斯gmail.com >

安装

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如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE))

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文档

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browseVignettes(“profileplyr”)

超文本标记语言	R脚本	用profileplorer在基因组范围内读取信号的可视化和注释
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.6),BiocGenerics，SummarizedExperiment
进口	GenomicRanges统计数据,soGGi、方法、跑龙套S4Vectors，R.utils，dplyr，magrittr，tidyr，IRanges，rjson，ChIPseeker，GenomicFeatures，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，rGREAT，pheatmap，ggplot2，EnrichedHeatmap，ComplexHeatmap、网格circlize，BiocParallel，rtracklayer，GenomeInfoDbgrDevices,rlang，开罗，tiff
链接
建议	BiocStyle，testthat，knitr，rmarkdown，png，Rsamtools
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

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源包	profileplyr_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	profileplyr_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	profileplyr_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/profileplyr
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ profileplyr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/profileplyr/
包下载报告	下载数据