彪马

DOI:10.18129 / B9.bioc.puma

微阵列分析中的传播不确定性(包括Affymetrix传统3’阵列、外显子阵列和人类转录组阵列2.0)

生物导体版本:发布(3.12)

Affymetrix基因芯片数据的大多数分析(包括传统的3’阵列、外显子阵列和人类转录组阵列2.0)是基于表达水平的点估计，忽略了这些估计的不确定性。通过将不确定性传播到下游分析，我们可以改进微阵列分析的结果。第一次，puma软件包使一套不确定性传播方法可供一般观众。除了从Affymetrix 3’阵列计算基因表达，puma还提供了处理外显子阵列和产生基因和亚型表达替代剪接研究的方法。Puma还在范围和执行速度方面提供了比以前可用的不确定性传播方法的改进。包括总结，差异表达检测，聚类和PCA方法，以及有用的绘图功能。

作者:Richard D. Pearson，刘学军，Magnus Rattray, Marta Milo, Neil D. Lawrence, Guido Sanguinetti, Zhang Li

维护者:刘学军<学军。刘:nuaa.edu.cn >

安装

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文档

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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	3.32.0
Bioconductor自	BioC 2.0 (R-2.5)(14年)
许可证	LGPL
取决于	R (> = 3.2.0),益生元(>= 1.32.0)、graphics、grDevices、methods、stats、utils、mclust,oligoClasses
进口	Biobase(> = 2.5.5),affy(> = 1.46.0),affyio,oligoClasses
链接
建议	pumadata,affydata,雪,limma,ROCR,注释
SystemRequirements
增强了
URL	http://umber.sbs.man.ac.uk/resources/puma
取决于我	pumadata
进口我
建议我	tigre
我的链接
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	puma_3.32.0.tar.gz
Windows二进制	puma_3.32.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	puma_3.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/puma
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/彪马
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/puma/
包下载报告	下载数据