rscudo

doi：10.18129/b9.bioc.rscudo

用于诊断目的的基于签名的聚类

生物导体版本：版本（3.15）

Scudo（用于诊断目的的基于签名的聚类）是一种基于等级的方法，用于分析用于诊断和分类目的的基因表达谱。它基于鉴定该样品的最高和下调基因组成的样品特异性基因特异性基因特征。从基因表达数据开始，该软件包中的功能识别样品特异性基因签名，并使用它们来构建样品图。在此图样品中，根据预计相似性矩阵，如果具有相似的表达曲线，则将其连接。使用类似于GSEA的方法计算两个样品的表达曲线之间的相似性。然后，样品图可用于执行社区聚类或在测试集中对样本进行监督分类。

作者：Matteo Ciciani [AUT，CRE]，Thomas Cantore [AUT]，Enrica Colasurdo [CTB]，Mario Lauria [CTB]

维护者：gmail.com> ciciani

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ rscudo”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ rscudo”）

html	R脚本	用于诊断目的的基于签名的聚类
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.12.0
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（3年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 3.6）
进口	方法，统计，Igraph，，，，Stringr，grdevices，生物酶，，，，S4VECTORS，，，，总结性特征，，，，生物基因
链接
建议	测试，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，全部，，，，RCY3，，，，商在，，，，E1071， 平行，多帕尔
系统要求
增强
URL	https://github.com/matteo-ciciani/scudo
BugReports	https://github.com/matteo-ciciani/scudo/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	rscudo_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	rscudo_1.12.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	rscudo_1.12.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rscudo
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/rscudo
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/rscudo/
软件包下载报告	下载统计