Regutools

doi：10.18129/b9.bioc.regutools

Regutools：RegulondB数据提取数据的R软件包

生物导体版本：版本（3.13）

RegulondB已从数百个实验中收集，协调和集中数据已有近二十年的历史，被认为是大肠杆菌K12中转录调控的参考点。在这里，我们介绍了Regutools R软件包，以促进计算生物学中对RegulondB数据的程序访问。Regutools为研究人员提供了向RegulondB进行自动查询的可重复工作流程的可能性。Regutools软件包是RegulondB数据与生物导体生态系统之间的桥梁，通过重复使用其他生物导体包裹的数据结构和统计方法。我们通过分析转录因子DNA结合位点和来自RegulondB的转录调节网络来证明Regutools与生物导体的整合。我们预计，Regutools将成为我们进步的有用基础，以进一步了解我们对基因调节网络的理解。

作者：Joselyn Chavez [AUT，CRE]，Carmina Barberena-Jonas [aut]，耶稣E. Sotelo-fonseca [aut]，Jose Alquicira-Hernandez [CTB]，Heladia Salgado [CTB]，Leonardo Collado-Torres [aut]，亚历杭德罗·雷耶斯[aut]

维护者：Joselyn Chavez

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ regutools”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Regutools”）

html	R脚本	Regutools：RegulondB数据提取数据的R软件包
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.4.0
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（1年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 4.0）
进口	AnnotationDbi，，，，AnnotationHub，，，，生物弦，，，，DBI，，，，基因组机，，，，GVIZ，，，，iranges，，，，RCY3，，，，rsqlite，，，，S4VECTORS，方法，统计，utils，Biocfilecache
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，Refmanager，，，，rmarkDown，，，，SessionInfo，，，，测试（> = 2.1.0），COVR
系统要求
增强
URL	https://github.com/comunidadadbioinfo/regutools
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/regutools
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	regutools_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	regutools_1.4.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	regutools_1.4.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regutools
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：套餐/regutools
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/regutools/
软件包下载报告	下载统计