rtracklayer

DOI:10.18129 / B9.bioc.rtracklayer

R接口到基因组注释文件和UCSC基因组浏览器

生物导体版本:发布(3.12)

可扩展框架,用于与多个基因组浏览器交互(当前内置UCSC)和操作各种格式的注释轨迹(当前GFF, BED, bedGraph, BED15, WIG, BigWig和2bit内置)。用户可以在支持的浏览器中导出/导入轨道,也可以查询和修改浏览器状态,比如当前的视口。

作者:Michael Lawrence, Vince Carey, Robert Gentleman

维持者:Michael Lawrence

引文(从R中输入引用(“rtracklayer”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!安装BiocManager::install("rtracklayer")

有关较旧版本的R,请参阅适当的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“rtracklayer”)

PDF R脚本 rtracklayer
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 安装
文本 许可证

细节

biocViews 2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本 1.50.0
Bioconductor自 BioC 2.2 (R-2.7)(13年)
许可证 艺术- 2.0 +文件许可证
取决于 R(>= 3.3),方法GenomicRanges(> = 1.37.2)
进口 XML(1.98 > = 0),BiocGenerics(> = 0.35.3),S4Vectors(> = 0.23.18),IRanges(> = 2.13.13),XVector(> = 0.19.7),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),Biostrings(> = 2.47.6),zlibbioc,RCurl(> = 1.4 2),Rsamtools(> = 1.31.2),GenomicAlignments(> = 1.15.6)、工具
链接 S4Vectors,IRanges,XVector
建议 BSgenome(> = 1.33.4),humanStemCell,(> = 1.1.1),genefilter,limma,org.Hs.eg.db,hgu133plus2.db,GenomicFeatures,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我 BRGenomics,BSgenome,CAGEfightR,ChIPComp,ChIPSeqSpike,CoverageView,CSSQ,腰带,EatonEtAlChIPseq,ExCluster,geneXtendeR,GenomicFiles,groHMM,吉他,HelloRanges,IdeoViz,liftOver,LoomExperiment,MethylSeekR,r3Cseq,测序,StructuralVariantAnnotation
进口我 阿尔卑斯山脉,AnnotationHubData,annotatr,APAlyzer,ASpediaFI,ATACseqQC,舞会礼服,BgeeCall,biscuiteer,BiSeq,分歧点,BSgenome,篮球选手,卡斯珀,CexoR,ChIPanalyser,chipenrich,chipenrich.data,ChIPpeakAnno,ChIPseeker,ChromHeatMap,ChromSCape,chromswitch,circRNAprofiler,cn,彗星,CompGO,consensusSeekeR,contiBAIT,conumee,customProDB,位深蓝,derfinder,DEScan2,diffHic,diffloop,DMCFB,DMCHMM,DMRcatedata,dmrseq,eisaR,埃尔默,ENCODExplorer,enrichTF,ensembldb,erma,esATAC,exomePeak2,fcScan,FourCSeq,FunciSNP,FunciSNP.data,genbankr,geneAttribution,geneLenDataBase,GeneStructureTools,genomation,GenomicFeatures,GenomicInteractions,GenomicState,genotypeeval,ggbio,GGtools,gmapR,gmoviz,哥特,gQTLBase,GreyListChIP,Gviz,hiAnnotator,HiTC,HTSeqGenie,icetea,igvR,检查,InTAD,IsoformSwitchAnalyzeR,karyoploteR,MACPET,MADSEQ,微波激射器,MEDIPS,metagene,metagene2,metaseqR2,methrix,methyAnalysis,methylKit,motifbreakR,MotifDb,multicrispr,NADfinder,nanotatoR,nearBynding,NoRCE,normr,OMICsPCA,ORFik,过去的,periodicDNA,PGA,plyranges,婴儿车,primirTSS,proBAMr,profileplyr,PureCN,qsea,QuasR,美国广播公司,重新计票,recount3,收回,地区,REMP,Repitools,RGMQL,RiboProfiling,ribosomeProfilingQC,RIPAT,RNAmodR,RNAprobR,咆哮,SCANVIS,scPipe,颈背,seqCAT,seqplots,seqsetvis,sevenC,SGSeq,SigsPack,SingscoreAMLMutations,soGGi,srnadiff,TFBSTools,trackViewer,transcriptR,tRNAscanImport,TSRchitect,VariantAnnotation,VariantTools,wavClusteR,wiggleplotr
建议我 高山,AnnotationHub,BiocFileCache,biovizBase,bsseq,chipseqDB,西塞罗,CINdex,compEpiTools,CrispRVariants,csawUsersGuide,DAMEfinder,dasper,dsQTL,EpiTxDb.Hs.hg38,epivizrChart,epivizrData,FDb.FANTOM4.promoters.hg19,geneXtendeR,GenomicAlignments,GenomicRanges,GeuvadisTranscriptExpr,goseq,InPAS,interactiveDisplay,megadepth,metaseqR,methylumi,miRBaseConverter,MotIV,MutationalPatterns,纳米管,NarrowPeaks,OrganismDbi,PasillaTranscriptExpr,π,图片,,pipeFrame,pqsfinder,R453Plus1Toolbox,rGADEM,林格,RNAmodR。AlkAnilineSeq,RNAmodR。毫升,RNAmodR。RiboMethSeq,RnBeads,RSVSim,签名者,similaRpeak,TAPseq,TCGAutils,三层,tRNAdbImport,TVTB
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包 rtracklayer_1.50.0.tar.gz
Windows二进制 rtracklayer_1.49.5.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) rtracklayer_1.50.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rtracklayer
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rtracklayer
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/rtracklayer/
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  • 支持网站-关于生物导体封装的问题
  • Bioc-devel邮件列表-为包开发人员2021欧洲杯体育投注开户