SCCB2

doi：10.18129/b9.bioc.sccb2

CB2改善了基于液滴的单细胞RNA测序数据中的细胞检测功率

生物导体版本：版本（3.12）

SCCB2是实现CB2的R包​​，用于将真实细胞与基于液滴的单细胞RNA-Seq实验中的空液滴区分开（尤其是对于10倍铬）。它基于聚类类似的条形码并为每个群集计算蒙特卡洛p值，以测试背景分布。该集群级测试在处理低计数条形码和均匀测序库中的单条级测试优于单重码级测试，同时保持FDR受到良好的控制。

作者：Zijian Ni [AUT，CRE]，Shuyang Chen [CTB]，Christina Kendziorski [CTB]

维护者：Zijian Ni

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ sccb2”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ SCCB2”）

html	R脚本	CB2改善了基于液滴的单细胞RNA测序数据中的细胞检测功率
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文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.0.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（<6个月）
执照	GPL-3
要看	R（> = 3.6.0）
进口	Singlecellexperiment，，，，总结性特征，，，，矩阵，方法，utils，stats，EDGER，，，，RHDF5， 平行，液滴，，，，多帕尔，，，，迭代器，，，，foreach，，，，Seurat
链接
建议	测试（> = 2.1.0），克恩斯门茶，，，，beachmat，，，，尼特，，，，生物使用，，，，rmarkDown
系统要求	C ++ 11
增强
URL	https://github.com/zijianni/sccb2
BugReports	https://github.com/zijianni/sccb2/issues
取决于我
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建议我
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构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	sccb2_1.0.0.0.tar.gz
Windows二进制	sccb2_1.0.0.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	sccb2_1.0.0.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sccb2
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/sccb2
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/sccb2/
软件包下载报告	下载统计