scDblFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.scDblFinder

scDblFinder

Bioconductor版本:发布(3.13)

scDblFinder包收集了多种方法，用于检测和处理单细胞RNA测序数据中的双/多胞胎(即在同一液滴或反应体积内捕获的多个细胞)。它包括以前在scran包中找到的方法，以及新的快速和全面的scDblFinder方法。

作者:Pierre-Luc日尔曼(cre, aut)，艾伦·伦[cbc]

维护者:Pierre-Luc Germain < Pierre-Luc。德国人。ethz.ch>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("scDblFinder")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“scDblFinder”)

超文本标记语言	R脚本	1 _introduction
超文本标记语言	R脚本	2 _scdblfinder
超文本标记语言	R脚本	3 _finddoubletclusters
超文本标记语言	R脚本	4 _computedoubletdensity
超文本标记语言		5 _recoverdoublets
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.6.0
在Bioconductor中	BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	igraph，矩阵，BiocGenerics，BiocParallel，BiocNeighbors，BiocSingular，S4Vectors，SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，食物，嘘，天窗，咆哮、方法、DelayedArray，xgboost，统计，utils，mbkmeans
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，scRNAseq，circlize，ComplexHeatmap，ggplot2，dplyr，质量，viridisLite
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/plger/scDblFinder
BugReports	https://github.com/plger/scDblFinder/issues
这取决于我	OSCA.advanced
进口我	singleCellTK
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	scDblFinder_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	scDblFinder_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	scDblFinder_1.6.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/scDblFinder
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/scDblFinder
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scDblFinder/
软件包下载报告	下载数据