Scmerge

doi：10.18129/b9.bioc.scmerge

Scmerge：合并多批SCRNA-SEQ数据

生物导体版本：版本（3.13）

像所有基因表达数据一样，单细胞RNA-SEQ（SCRNA-SEQ）数据遭受批处理效应和其他不必要的变化，使准确的生物学解释变得困难。Scmerge方法利用因子分析，稳定表达的基因（SEG）和（伪 - ）重复以消除不必要的变化并合并多个SCRNA-SEQ数据。该软件包包含Scmerge管道中的所有必要功能，包括识别SEG，复制识别方法以及SCRNA-SEQ数据的合并。

作者：yingxin lin [AUT，CRE]，Kevin Wang [AUT]，悉尼生物信息学和生物识别集团[FND]

维护者：yingxin lin

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ scmerge”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Scmerge”）

html	R脚本	Scmerge
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.8.0
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（2年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 3.6.0）
进口	生物比较，，，，生物兴奋，，，，簇，，，，延迟，，，，延迟的matrixstats，，，，干扰，，，，Igraph，，，，M3Drop（> = 1.9.4），并行，pdist，，，，代理人，，，，鲁夫，，，，S4VECTORS（> = 0.23.19），Singlecellexperiment（> = 1.7.3），总结性特征
链接
建议	生物使用，，，，COVR，，，，HDF5Array，，，，尼特，，，，矩阵，，，，rmarkDown，，，，秤，，，，评分，，，，测试，，，，獾
系统要求
增强
URL	https://github.com/sydneybiox/scmerge
BugReports	https://github.com/sydneybiox/scmerge/issues
取决于我
进口我	Singlecelltk
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	scmerge_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	scmerge_1.8.0.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	scmerge_1.8.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scmerge
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/scmerge
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/scmerge/
软件包下载报告	下载统计