scPipe

DOI:10.18129 / B9.bioc.scPipe

单细胞RNA-seq数据分析管道

生物导体版本:发布(3.12)

单细胞RNA-seq数据的预处理管道，从fastq文件开始，产生带有相关质量控制信息的基因计数矩阵。它可以处理由CEL-seq, MARS-seq, Drop-seq, Chromium 10x和SMART-seq协议生成的fastq数据。

作者:Luyi田

维护人员:陆一田<田。l在wehi.edu.au >

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如果(!2、安装BiocManager::install("scPipe")

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文档

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browseVignettes(“scPipe”)

超文本标记语言	R脚本	scPipe:用于3'端scna -seq数据的灵活数据预处理管道
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.4),ggplot2、方法、SingleCellExperiment
进口	Rhtslib,biomaRt,GGally,质量,mclust,Rcpp(> = 0.11.3),重塑,BiocGenerics,robustbase,尺度,跑龙套,统计数据,S4Vectors,SummarizedExperiment,AnnotationDbi,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,stringr,rtracklayer,哈希,dplyr,GenomicRanges,magrittr,胶水1.3.0(> =版本),rlang,嘘(> = 1.11.0)
链接	Rcpp,Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc,testthat
建议	Rsubread,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements	GNU c++ 11日
增强了
URL	https://github.com/LuyiTian/scPipe
BugReports	https://github.com/LuyiTian/scPipe
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	scPipe_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	scPipe_1.12.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	scPipe_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scPipe
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scPipe
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scPipe/
包下载报告	下载数据