评分

doi:10.18129/b9.bioc.scater

用于R中基因表达数据的单细胞分析工具包

生物导体版本:版本(3.13)

用于对单细胞RNA-seq基因表达数据进行各种分析的工具集合,重点是质量控制和可视化。

作者:戴维斯·麦卡锡(Davis McCarthy),基兰·坎贝尔(Kieran Campbell)[aut],Aaron Lun [AUT,CTB],Quin Wills [aut],Vladimir Kiselev [CTB],Felix G.M.Ernst [CTB],Alan O'Callaghan [CTB,CRE]

维护者:Alan O'Callaghan

引用(从r内,输入引用(“ spater”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ scater”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ scater”)

html R脚本 调查功能概述
PDF 参考手册
文本 消息

细节

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版本 1.20.0
在生物导体中 Bioc 3.3(R-3.3)(5年)
执照 GPL-3
要看 Singlecellexperiment,,,,砍伐,,,,GGPLOT2
进口 统计,utils,方法,网格,栅格,,,,矩阵,,,,生物基因,,,,S4VECTORS,,,,总结性特征,,,,延迟,,,,延迟的matrixstats,,,,beachmat,,,,生物脑,,,,生物兴奋,,,,生物比较,,,,rlang,,,,ggbeeswarm,,,,维里迪斯,,,,RTSNE,,,,rcolorbrewer
链接
建议 生物使用,,,,Biomart,,,,牛仔图,,,,命运,,,,尼特,,,,scrnaseq,,,,鲁棒,,,,rmarkDown,,,,UWOT,,,,NMF,,,,测试,,,,pheatmap,,,,Snifter,,,,生物酶
系统要求
增强
URL //www.andersvercelli.com/packages/scater/
BugReports https://support.bioconductor.org/
取决于我 NetSmooth
进口我 AirPart,,,,BAYESSPACE,,,,催化剂,,,,塞尔达,,,,细胞体,,,,细胞混蛋,,,,染色体,,,,结论,,,,清楚的,,,,Irisfgm,,,,米娅,,,,迈维兹,,,,马斯喀特,,,,netdx,,,,佩科,,,,管道,,,,scdblfinder,,,,scpipe,,,,Singlecelltk,,,,西班牙猎狗,,,,空间Libd,,,,飞溅,,,,三轮车
建议我 Batchelor,,,,Bluster,,,,窖藏,,,,蜂窝轨道,,,,Citefuse,,,,策划的元素元素,,,,Dittoseq,,,,DuoClustering2018,,,,实验值,,,,FCOEX,,,,HCADATA,,,,Interactivecomplexheatmap,,,,我明白,,,,iseeu,,,,M3Drop,,,,桅杆,,,,mbkmeans,,,,米洛,,,,miqc,,,,单片,,,,mumosa,,,,muscdata,,,,星云,,,,SC3,,,,Scarray,,,,SCDS,,,,Schex,,,,Schot,,,,Scmerge,,,,烤饼,,,,SCP,,,,斯克兰,,,,屏幕,,,,Simplesinglecell,,,,Singlecellmultimodal,,,,辛格,,,,激流回旋,,,,Snifter,,,,总结,,,,Tabulamurisdata,,,,tidysinglecellexperiment,,,,Velociraptor,,,,waddr
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 scater_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 scater_1.20.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) scater_1.20.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scater
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/scater
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/scater/
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