SCDE.

DOI：10.18129 / b9.bioc.scde.

单细胞差异表达

Biocometiond版本：释放（3.12）

SCDE包实现了一组统计方法，用于分析单细胞RNA-SEQ数据。SCDE适用于单个单元RNA-SEQ测量的单个错误模型。然后可以使用这些模型来评估细胞组之间的差异表达，以及其他类型的分析。SCDE封装还包含Pagoda框架，该框架应用途径和基因设置过度分析，以识别和表征基于转录签名的推定细胞群。差异表达分析的总体方法详述了以下出版物：“单细胞差异表达分析的贝叶斯方法”（Kharchenko PV，Silberstein L，Scadden DT，Nature方法，DOI：10.1038 / Nmeth.2967）。以下预先印刷的总体鉴定和表征的总体方法详述：“通过途径和基因集过分分析表征转录异质性”（风扇J，Salathia N，Liu R，Kaeser G，Yung Y，Herman J，Kaper F，风扇jb，张k，春j和kharchenko pv，自然方法，doi：10.1038 / nmeth.3734）。

作者：Peter Kharchenko [Aut，Cre]，Jean粉丝[AUT]

维护者：Jean Fan

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“scde”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

PDF.		参考手册

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	2.18.0
在生物导体中以来	BIOC 3.3（R-3.3）（4.5岁）
执照	GPL-2
依靠	r（> = 3.0.0），FlexMix.
进口	rcpp.（> = 0.10.4），rcpparmadillo.（> = 0.5.400.2.0），mgcv.那车那rjson.那大量的那开罗那rcolorbrewer.那edger.那Quantreg.， 方法，NNET.那rmtstat.那极端那pcamethods.那生物相投， 平行
链接到	rcpp.那rcpparmadillo.
建议	kn那CBA.那快速那WGCNA那go.db.那org.hs.eg.db.那RAMAMAMDOW.
系统要求
加强
URL.	http://pklab.med.harvard.edu/scde.
Bugreports.	https://github.com/hms-dbmi/scde/issues.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	scde_2.18.0.tar.gz.
Windows二进制文件	scde_2.18.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	scde_2.18.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/scde.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ scde
包短网址	https://biocumon.org/packages/scde/
包裹下载报告	下载统计信息