颈背

DOI:10.18129 / B9.bioc.scruff

单细胞RNA-Seq UMI过滤促进者(scruff)

Bioconductor版本:发布(3.12)

处理单细胞RNA-seq (scRNA-seq)的管道从cell -seq和cell -seq2协议中读取数据。解复用scRNA-seq FASTQ文件，使用Rsubread对齐读到引用基因组，并生成UMI过滤计数矩阵。还提供读取对齐以及对齐前和对齐后的QC指标的可视化。

作者:王哲[aut, cre]，胡俊明[aut]， Joshua Campbell [aut]

维护人员:哲王<哲在bu.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本为“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("scruff")

对于旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:

browseVignettes(颈背)

超文本标记语言	R脚本	使用残渣处理单细胞RNA-Seq读取
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文本		新闻
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.8.3
Bioconductor自	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	data.table,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicRanges,Rsamtools,ShortRead平行,plyr,BiocGenerics,BiocParallel,S4Vectors,AnnotationDbi,Biostrings、方法、ggplot2,ggthemes,尺度,GenomeInfoDb,stringdist,ggbio,rtracklayer,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,Rsubread
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/campbio/scruff/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循安装在你的R会话中使用这个包的说明。

源包	scruff_1.8.3.tar.gz
Windows二进制	scruff_1.8.3.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	scruff_1.8.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scruff
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/颈背
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scruff/
包下载报告	下载数据
BioC 3.12的旧源包	源存档