seq2pathway.

DOI：10.18129 / b9.bioc.seq2pathway.

用于功能基因集（或称为途径）的新型工具对下一代测序数据的分析

Bioconductor版本：释放（3.13）

SEQ2Pathway是一种新型工具，用于功能基因集（或称为途径）分析下一代测序数据，由“SEQ2庚烷”和“Gene2Path”组件组成。SEQ2gene将基因组区域的序列水平测量（包括SNP或点突变坐标）与基因级评分进行序列，并且GENE2PALLWAY总结了基因分数对每个样品的途径分数。SEQ2GENE具有将编码和非外显子区分配给更广泛范围的相邻基因的可行性，而不是仅是最接近的基因，从而促进了功能性非编码区的研究。Gene2Pathway考虑了途径内基因成员的重要性，比较了途径外的基因成员。SEQ2Pathway的输出是定量途径分数的一般结构，从而允许一个人作为RNA-SEQ，芯片-SEQ，GWAS和源自下一代世代序列测序实验的这种数据集。

作者：Xinan Yang ;宾王

维护者：Arjun Kinstlick

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“seq2pathway”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“SEQ2PALPWAY”）

PDF.	r script.	序列的R包
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯
版本	1.24.0
在生物导体中以来	BIOC 3.1（R-3.2）（6年）
执照	GPL-2
依靠	r（> = 3.6.2）
进口	NNET.那WGCNA那格萨那生物雕那Genomicranges.那seq2pathway.data.
链接到
建议
系统要求
加强
URL.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	seq2pathway_1.24.0.tar.gz.
Windows二进制文件	seq2pathway_1.24.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	seq2pathway_1.24.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/seq2pathway.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocumon.org：包装/ seq2pathway
包短网址	https://biocumon.org/packages/seq2pathway/
包裹下载报告	下载统计信息