seqplots.

DOI：10.18129 / b9.bioc.seqplots.

这个包是弃用。它可能会从生物导体中移除。请参考套餐终身指南想要查询更多的信息。

一种交互式工具，用于使用平均图和热插拔可视化NGS信号和序列主题密度

Bioconductor版本：释放（3.13）

SEQPLOTS是一种绘制基于下一代测序（NGS）的实验的信号轨道的工具，例如，读取芯片-SEQ，RNA-SEQ和DNA可访问性等覆盖率，如DNASE-SEQ和MNASE-SEQ，过度用户指定的基因组特征，例如，例如用户特定的基因组特征。启动子，基因体等。它还可以从参考基因组计算序列基序密度谱。数据被视为平均信号分布绘图，错误估计（标准误差和95％置信区间）显示为字段，或者可以使用分层聚类，K-MEASE算法和自组织地图进行排序和集群的一系列热量。可以使用使用闪亮框架实现的R编程语言或基于Web浏览器的图形用户界面（GUI）来编写图。双重目的实现允许在桌面上本地运行软件或在服务器上部署它。SEQPLOTS对于探索性数据分析以及准备可复制的，出版质量图是有用的。该软件的其他特征包括协作和数据共享功能，以及存储预先计算结果矩阵的能力，该功能与多个不同特征的许多测序实验和硅生成的轨道相结合。这些二进制文件可以进一步用于在飞行上生成新的组合块，运行自动批量操作或与同事共享，谁可以在不加载实际轨道和重新计算数值的情况下调整其绘图参数。SEQPLOTS在Biocumond封装上继电器，主要用于RtrackLayer，用于参考基因组序列和注释的数据输入和BSGenome封装。

作者：Przemyslaw Stempor

维护者：Przemyslaw Stempor

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！quancamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“seqplots”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

PDF.		参考手册

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.30.0
在生物导体中以来	BIOC 3.0（R-3.1）（6.5岁）
执照	GPL-3.
依靠	r（> = 3.2.0）
进口	方法，绞喉那bsgenome.那消化那rtracklayer.那Genomicranges.那生物仪器那闪亮的（> = 0.13.0），DBI.那rsqlite.那Plotrix.那领域， 网格，kohonen.， 平行，Genomeinfodb.那班级那S4Vectors.那ggplot2.那重塑2.那格拉底那雅思石那DT.（> = 0.1.0），rcolorbrewer.那RSAMTOOLS.那基因管理那Biocmanager.
链接到
建议	testthat.那生物焦那kn那RAMAMAMDOW.那Covr.
系统要求
加强
URL.	http://github.com/przemol/seqplots.
Bugreports.	http://github.com/przemol/seqplots/issues.
取决于我
进口我	chipseqspike.
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

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源包
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/seqplots.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ seqplots
包短网址	https://biocumon.org/packages/seqplots/
包裹下载报告	下载统计信息