芝麻

DOI:10.18129 / B9.bioc.sesame

DNA甲基化珠芯片的明智步进分析

生物导体版本:发布(3.13)

Illumina Infinium DNA甲基化阵列分析工具。SeSAMe提供了支持多代Infinium DNA甲基化BeadChips分析的工具，包括预处理、质量控制、可视化和推理。SeSAMe具有更精确的检测调用、种族、性别的智能推理和先进的质量控制程序。

作者:周万鼎[aut, cre]，沈慧[aut]， Timothy Triche [ctb]， brett Barnes [ctb]

维护者:周畹ding <周畹ding at gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“芝麻”)

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“芝麻”)

超文本标记语言	R脚本	0.芝麻用户指南
超文本标记语言	R脚本	1.质量控制
超文本标记语言	R脚本	2.大数据
超文本标记语言	R脚本	3.Minfi交互
超文本标记语言	R脚本	4.卫生处理的数据
超文本标记语言	R脚本	5.霍Mammal40数组
超文本标记语言	R脚本	6.鼠标数组
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1),sesameData、方法
进口	BiocParallelgrDevices跑龙套,stringr，宠物猫，illuminaio，质量，GenomicRanges，IRanges、网格preprocessCore，S4Vectors，randomForest，wheatmap，ggplot2平行,matrixStats，DNAcopy统计数据,SummarizedExperiment
链接
建议	尺度，knitr，rmarkdown，testthat，dplyr，tidyr，BiocStyle，IlluminaHumanMethylation450kmanifest，minfi，FlowSorted.CordBloodNorway.450k，FlowSorted.Blood.450k，HDF5Array
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/zwdzwd/sesame
BugReports	https://github.com/zwdzwd/sesame/issues
取决于我
进口我	TCGAbiolinksGUI
建议我	MethReg，RnBeads，sesameData，TCGAbiolinks
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	sesame_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	sesame_1.10.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	sesame_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sesame
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/芝麻
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/sesame/
包下载报告	下载数据