塞塞伦

DOI：10.18129 / b9.bioc.sevenc.

CTCF主题芯片-SEQ相关性染色体构象捕获

Bioconductor版本：释放（3.13）

染色质循环是真核基因组的基本特征，可以在受调节靶基因的紧密物理接近的近乎物理接近的情况下引起调节序列，例如增强子或转录因子结合位点。在这里，我们提供Sevenc，一个R包，其使用来自芯片-SEQ的蛋白质结合信号和序列基序信息来预测染色质循环事件。粘合靠近环锚的蛋白质的交联导致芯片锁上的芯片SEQ信号。这些信号在CTCF主题对一起使用，以及它们彼此的距离和方向来预测它们是否相互作用。所得的染色质环瘤可用于将增强子或转录因子结合位点（例如，芯片-SEQ峰）与调节的靶基因相关联。

作者：Jonas Ibn-Salem [Aut，Cre]

维护者：Jonas Ibn-Salem

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“sevenc”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.12.0
在生物导体中以来	BIOC 3.7（R-3.5）（3年）
执照	GPL-3.
依靠	r（> = 3.5），互动（> = 1.2.0）
进口	rtracklayer.（> = 1.34.1），生物根系（> = 0.22.0），Genomeinfodb.（> = 1.12.2），Genomicranges.（> = 1.28.5），绞喉（> = 2.10.3），S4Vectors.（> = 0.14.4），读书（> = 1.1.0），邮风（> = 0.2.2），data.table.（> = 1.10.4），靴子（> = 1.3-20），方法（> = 3.4.1）
链接到
建议	testthat.那生物焦那kn那RAMAMAMDOW.那基因组互动那Covr.
系统要求
加强
URL.	https://github.com/ibn-salem/sevenc.
Bugreports.	https://github.com/ibn-salem/sevenc /sisues.
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包档案包

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源包	sevenc_1.12.0.tar.gz.
Windows二进制文件	sevenc_1.12.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	sevenc_1.12.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/sevenc.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/塞塞伦
包短网址	https://biocumon.org/packages/sevenc/
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