Singlecelltk

doi：10.18129/b9.bioc.singlecelltk

单细胞RNA-seq数据的全面互动分析

生物导体版本：版本（3.12）

在R控制台或直接通过浏览器中运行常见的单个单元格分析。包括许多用于进口，质量控制，归一化，批化校正，聚类，差异表达和可视化的功能。

作者：David Jenkins [AUT]，Vidya Akavoor [aut]，Salam alabdullatif [aut]，Shruthi Bandyadka [aut]，Emma Briars [aut]，Xinyun Cao [aut]，Sebastian Carrasco Pro [aut]，Tyler Faits [aut]，Rui Hong [aut]，Mohammed Muzamil Khan [aut]，Yusuke Koga [aut，CRE]，Anastasasia Leshchyk [aut]，Irzam Sarfraz [，Irzam Sarfraz [Aut]，Yichen Wang [aut]，Zhe Wang [aut]，W。EvanJohnson [aut]，约书亚·戴维·坎贝尔[AUT]

维护者：bu.edu> yusuke koga

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ singlecelltk”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Singlecelltk”）

html	R脚本	1. Singlecelltk简介
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	2.0.0
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（3年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	r（> = 4.0），总结性特征，，，，Singlecellexperiment，，，，延迟，，，，生物酶
进口	猿，，，，Batchelor，，，，生物基因，，，，生物比较，，，，颜色，，，，色彩空间，，，，牛仔图，，，，簇，，，，复杂的图像，，，，Data.Table，，，，延迟的matrixstats，，，，deseq2，，，，dplyr，，，，DT，，，，实验室，，，，字段，，，，GGPLOT2，，，，ggplotify，，，，Ggrepel，，，，格特里，，，，栅格，，，，GSVA（> = 1.26.0），GSVADATA，，，，Igraph，，，，克恩斯门茶，，，，林玛，，，，桅杆，，，，矩阵，，，，矩阵， 方法，msigdbr，，，，多检验，，，，情节，，，，rcolorbrewer，，，，rocr，，，，RTSNE，，，，S4VECTORS，，，，评分，，，，Scmerge（> = 1.2.0），斯克兰，，，，Seurat（> = 3.1.3），闪亮的，，，，光泽，，，，闪亮的widgets，，，，Shinyjs，，，，丝绸，，，，Shinyjqui，，，，SVA，，，，RESHAPE2，，，，AnnotationDbi，，，，Shinyalert，，，，循环，，，，富集，，，，塞尔达，，，，Shinycsssloaders，，，，有光泽的人，，，，UWOT，，，，液滴，，，，SCDS（> = 1.2.0），网状（> = 1.14），工具，用，，，，gseabase，，，，r.utils，，，，Zinbwave，，，，scrnaseq（> = 2.0.2），tenxpbmcdata，，，，Yaml，，，，rmarkDown，，，，马格里特，，，，KableExtra，，，，scdblfinder
链接
建议	测试，，，，rsubread，，，，生物使用，，，，尼特，，，，林特，，，，BladderBatch，，，，Xtable，，，，拼写，，，，org.mm.eg.db，，，，Stringr
系统要求
增强
URL	https://compbiomed.github.io/sctk_docs/
BugReports	https://github.com/compbiomed/singlecelltk/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	singlecelltk_2.0.0.0.tar.gz
Windows二进制	singlecelltk_2.0.0.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	singlecelltk_2.0.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/singlecelltk
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/singlecelltk
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/singlecelltk/
软件包下载报告	下载统计