sitePath

DOI:10.18129 / B9.bioc.sitePath

基于系统发育的序列聚类和位点多态性

Bioconductor版本:发行版(3.15)

位点多态性是聚类DNA/蛋白质序列的一种方法，但在单一位点上具有相同多态性的序列可能存在遗传距离。这个包的目的是使用位点多态性和它们对应的系统发育树聚类序列。通过考虑它们在树上的位置，只有结构上相邻的序列才会聚类。然而，相邻的序列不一定具有相同的多态性。因此，采用分支定界类算法来最小化代表每个簇的位点多态性纯度的熵。

作者:纪成阳[aut, cre, cph]，周杭宇[ths]，吴爱平[ths]

维护者:澄阳记<澄阳。在alumni.xjtlu.edu.cn ji12 >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("sitePath")

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文档

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browseVignettes(“sitePath”)

超文本标记语言	R脚本	sitePath的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (R-3.6)(3年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	RColorBrewer，Rcpp，猿，aplot，ggplot2，ggrepel，ggtree、图形、grDevicesgridExtra、方法、并行seqinr统计数据,tidytree,跑龙套
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，devtools，knitr，魔法，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://wuaipinglab.github.io/sitePath/
BugReports	https://github.com/wuaipinglab/sitePath/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	sitePath_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	sitePath_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	sitePath_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sitePath
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ sitePath
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/sitePath/
包下载报告	下载数据