structToolbox

DOI:10.18129 / B9.bioc.structToolbox

代谢组学和其他组学的数据处理和分析工具

Bioconductor版本:发行版(3.15)

代谢组学和其他组学的一套广泛的数据(预)处理和分析方法和工具，特别强调统计学和机器学习。这个工具箱允许用户为数据分析构建广泛的标准化工作流。这些方法和工具是使用struct(使用基于类的模板中的统计信息)包提供的基于类的模板实现的。工具箱包括预处理方法(如信号漂移和批量校正、归一化、缺失值imputation和scaling)、单变量(如ttest、各种形式的ANOVA、Kruskal-Wallis检验等)和多变量统计方法(如PCA和PLS，包括交叉验证和排列检验)以及机器学习方法(如支持向量机)。统计本体(STATO)已经被集成和实现，为不同的方法、输入和输出提供了标准化的定义。

作者:Gavin Rhys Lloyd [aut, cre]拉尔夫·约翰内斯·玛丽亚·韦伯[au]

维护者:Gavin Rhys Lloyd

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("structToolbox")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“structToolbox”)

超文本标记语言	R脚本	使用structToolbox对代谢组学和其他组学数据集进行数据分析
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文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0),结构体(> = 1.5.1)
进口	ggplot2，ggthemes、网格gridExtra、方法、尺度，sp统计,跑龙套
链接
建议	agricolae，BiocFileCache，BiocStyle，车，covr，cowplot，e1071，emmeans，ggdendro，knitr，魔法，nlme，openxlsx，请，pmp，reshape2，ropls，rmarkdown，Rtsne，testthat，rappdirs
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/computational-metabolomics/structToolbox
取决于我
进口我
建议我	metabolomicsWorkbenchR
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	structToolbox_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	structToolbox_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	structToolbox_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/structToolbox
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ structToolbox
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/structToolbox/
包下载报告	下载数据