突触

DOI:10.18129 / B9.bioc.synapsis

一个R包，用于在减数分裂过程中自动分析双链断裂修复

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Synapsis是Bioconductor的一个软件包，用于自动(无偏和可重复)分析减数分裂免疫荧光数据集。该软件的主要功能是:i)识别减数分裂前期的细胞，这些细胞被突触复合体轴或中心元素蛋白标记;ii)分离单个突触复合体并测量其物理长度;iii)量化病灶并将其与突触复合体共定位;iv)测量突触复合体相关病灶之间的干扰。该软件的应用程序可以扩展到多个物种，并对标记减数分裂前期染色体的其他蛋白质进行分析。该软件将减数分裂免疫荧光图像转换为与机器学习方法兼容的R数据帧。给定一组减数分裂增殖玻片的显微镜图像，突触在单个单细胞周围提取图像，以每个细胞为基础计算链上的共聚焦焦点，并测量任何给定链上焦点之间的距离。

作者:Lucy McNeill [aut, cre, cph]，韦恩·克里斯马尼[rev, ctb]

维护者:Lucy McNeill

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("synapsis")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“突触”)

超文本标记语言	R脚本	Using-synapsis
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.4.0
在Bioconductor公司	BioC 3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)
进口	EBImage，统计，效用，图形
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat(> = 3.0.0),ggplot2，tidyverse，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	synapsis_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	synapsis_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	synapsis_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	synapsis_1.3.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/synapsis
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/synapsis
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/synapsis/
软件包下载报告	下载数据