SystemPipeshiny

doi：10.18129/b9.bioc.systempipeshiny

SystemPipeshiny：工作流程管理和可视化的交互式框架

生物导体版本：版本（3.15）

SystemPipeshiny（SPS）扩展了广泛使用的Systempiper（SPR）工作流程环境，并具有由闪亮应用程序提供的多功能图形用户界面。This allows non-R users, such as experimentalists, to run many systemPipeR’s workflow designs, control, and visualization functionalities interactively without requiring knowledge of R. Most importantly, SPS has been designed as a general purpose framework for interacting with other R packages in an intuitive manner. Like most Shiny Apps, SPS can be used on both local computers as well as centralized server-based deployments that can be accessed remotely as a public web service for using SPR’s functionalities with community and/or private data. The framework can integrate many core packages from the R/Bioconductor ecosystem. Examples of SPS’ current functionalities include: (a) interactive creation of experimental designs and metadata using an easy to use tabular editor or file uploader; (b) visualization of workflow topologies combined with auto-generation of R Markdown preview for interactively designed workflows; (d) access to a wide range of data processing routines; (e) and an extendable set of visualization functionalities. Complex visual results can be managed on a 'Canvas Workbench’ allowing users to organize and to compare plots in an efficient manner combined with a session snapshot feature to continue work at a later time. The present suite of pre-configured visualization examples. The modular design of SPR makes it easy to design custom functions without any knowledge of Shiny, as well as extending the environment in the future with contributions from the community.

作者：Le Zhang [AUT，CRE]，Daniela Cassol [aut]，Ponmathi Ramasamy [aut]，Jianhai Zhang [aut]，Gordon Mosher [aut]，Thomas Girke [aut]

维护者：le zhang

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ SystemPipeshiny”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ SystemPipeshiny”）

html	R脚本	SystemPipeshiny
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.6.1
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	GPL（> = 3）
要看	r（> = 4.0.0），闪亮的（> = 1.6.0），spsutil（> = 0.2.2），spscomps（> = 0.3.2），抽屉（> = 0.2）
进口	DT，，，，断言，，，，BSPlus，，，，蜡笔，，，，dplyr，，，，GGPLOT2，，，，htmltools，，，，胶水，，，，马格里特， 方法，情节，，，，rlang，，，，rstudioapi，，，，闪亮，，，，光泽，，，，闪亮的widgets，，，，发光的dashboard，，，，ShinyDashboardPlus（> = 2.0.0），Shinyjqui，，，，Shinyjs，，，，Shinytoastr，，，，Stringr，统计Styler，，，，蒂布尔，utils，vroom（> = 1.3.1），Yaml，，，，R6，，，，rsqlite，，，，Openssl
链接
建议	测试，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，Systempiper（> = 2.2.0），SystemPiperData（> = 2.0.0），Rhandsontable，，，，压缩，，，，callr，，，，按钮，，，，FS，，，，readr，，，，r.utils，，，，deseq2，，，，总结性特征，，，，GLMPCA，，，，pheatmap， 网格，猿，，，，RTSNE，，，，insctr，，，，花花公子，，，，esquisse（> = 1.1.0），西塞隆
系统要求
增强
URL	https://systempipe.org/spshttps://github.com/systempiper/systempipeshiny
BugReports	https://github.com/systempiper/systempipeshiny/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Systempipeshiny_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	SystemPipeshiny_1.6.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Systempipeshiny_1.6.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/systempipeshiny
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/systempipeshiny
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/systempipeshiny/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.15的旧源软件包	来源存档