Tomoda.

DOI：10.18129 / b9.bioc.tomoda.

Tomo-SEQ数据分析

Bioconductor版本：释放（3.13）

此包提供了许多易于使用的方法来分析和可视化Tomo-SEQ数据。Tomo-SEQ技术基于组织的低温和连续部分进行RNA-SEQ。（参考：Kruse F，Junker JP，Van Oudenaarden A，Bakkers J. Tomo-SEQ：一种利用空间分辨率获取基因组表达数据的方法。方法细胞BIOL。2016; 135：299-307。DOI：10.1016 / BS.mcb.2016.01.006）包装的主要目的是在Tomo-SEQ样品中找到具有类似转录谱和空间表达基因的区域。有几个visulization功能可用于创建易于修改的图。

作者：文浩刘[AUT，CRE]

维护者：文豪刘

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！quancanamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“tomoda”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“TOMODA”）

HTML.	r script.	Tomoda.
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文本		执照

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.2.0
在生物导体中以来	BIOC 3.12（R-4.0）（0.5岁）
执照	mit +文件执照
依靠	r（> = 4.0.0）
进口	方法，统计，Grdevices，重塑2.那RTSNE.那umap.那rcolorbrewer.那ggplot2.那GGRepel.那概括分析
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.那生物焦那testthat.
系统要求
加强
URL.	https://github.com/liuwd15/tomoda.
Bugreports.	https://github.com/liuwd15/tomoda/issues.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	tomoda_1.2.0.tar.gz.
Windows二进制文件	tomoda_1.2.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	tomoda_1.2.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/tomoda.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/ Tomoda
包短网址	https://biocumon.org/packages/tomoda//
包裹下载报告	下载统计信息