topGO

DOI:10.18129 / B9.bioc.topGO

基因本体的富集分析

生物导体版本:发布(3.12)

topGO包提供了测试GO术语的工具，同时考虑了GO图的拓扑结构。可以实现和应用不同的测试统计数据和消除GO术语之间的局部相似性和依赖性的不同方法。

作者:Adrian Alexa, Jorg Rahnenfuhrer

维护者:Adrian Alexa < Adrian。alexa gmail.com >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!安装BiocManager::install(“topGO”)

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“topGO”)

PDF	R脚本	topGO
PDF		参考手册

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	2.42.0
Bioconductor自	BioC 2.0 (R-2.5)(14年)
许可证	LGPL
取决于	R(>= 2.10.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.13.6),图(> = 1.14.0),Biobase(> = 2.0.0),GO.db(> = tripwire),AnnotationDbi(> = 1.7.19),SparseM(> = 0.73)
进口	晶格,matrixStats,DBI
链接
建议	所有,hgu95av2.db,hgu133a.db,genefilter,xtable,乘,Rgraphviz,globaltest
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	BgeeDB,ccTutorial,cellTree,compEpiTools,EGSEA,理想的,maEndToEnd,RNAither,tRanslatome
进口我	BioMM,cellity,FoldGO,GOSim,OmaDB,pcaExplorer,psygenet2r,transcriptogramer,ViSEAGO
建议我	FGNet,IntramiRExploreR,miRNAtap,林格
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	topGO_2.42.0.tar.gz
Windows二进制	topGO_2.42.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	topGO_2.42.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topGO
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ topGO
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/topGO/
包下载报告	下载数据
BioC 3.12的旧源包	源存档