Bioconductor版本:发行版(3.12)
tradeSeq为拟合回归模型提供了一种灵活的方法,可用于寻找沿一条轨迹的一个或多个谱系差异表达的基因。在拟合模型的基础上,它使用各种适合于回答不同感兴趣问题的测试,例如,发现其表达与伪时间相关的基因,或沿轨迹(在特定区域)差异表达的基因。对每个基因拟合一个负二项式广义可加性模型(GAM),并对GAM的参数进行推理。
作者:Koen Van den Berge [aut], Hector Roux de Bezieux [aut, cre]、凯利·斯特里[ctb]、列文·克莱门特[ctb]、桑德琳·杜杜特[ctb]
维护者:Hector Roux de Bezieux < Hector。Rouxdebezieux在berkeley.edu>
引文(从R内,输入引用(“tradeSeq”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“tradeSeq”)
超文本标记语言 | 不同条件下的差异表达式 | |
超文本标记语言 | R脚本 | 单眼镜+ tradeSeq |
超文本标记语言 | R脚本 | 更多与fitGAM合作的细节 |
超文本标记语言 | R脚本 | tradeSeq工作流 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 |
版本 | 1.4.0 |
在Bioconductor | BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年) |
许可证 | MIT +文件许可证 |
取决于 | R (>= 3.6) |
进口 | mgcv,刨边机,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,弹弓,magrittr,RColorBrewer,BiocParallel,Biobase,pbapply,ggplot2,princurve、方法、单片眼镜,igraph,S4Vectors,宠物猫,矩阵,冬青,matrixStats |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,testthat,covr,clusterExperiment |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://statomics.github.io/tradeSeq/index.html |
BugReports | https://github.com/statOmics/tradeSeq/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | tradeSeq_1.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | tradeSeq_1.3.13.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | tradeSeq_1.4.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tradeSeq |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tradeSeq |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/tradeSeq/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
文档»
Bioconductor
支持»
请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一: