Bioconductor Package MotifDb: LICENSE MotifDb是一个从六个来源获得的位置权重矩阵和元数据的集合,在商业使用上有一些限制,如下所示:| 2769位置频率矩阵来自6个来源:| FlyFactorSurvey: 614 | JASPAR_CORE: 459 | ScerTF: 196 | UniPROBE: 380 | hPDI: 437 | stamlab: 683 FlyFactorSurvey:所有数据描述为“公共”[http://pgfe.umassmed.edu/ffs/DownloadData.php] JASPAR_CORE:“JASPAR CORE数据库包含一组精心策划的、非冗余的配置文件,源自已发表的实验定义的真核生物转录因子结合位点集合。与类似资源(TRANSFAC等)的主要区别在于开放数据访问、非冗余性和质量。”[http://jaspar.genereg.net/] ScerTF:“为所有酿酒酵母转录因子选择的最佳矩阵的整个数据库可在这里下载。”没有提到限制。Spivak和Stormo解释说,他们从10个来源收集了他们的藏品,列出在这里:[http://stormo.wustl.edu/ScerTF/download/] UniPROBE:“请注意,任何包含PBM探针序列的文件都受到学术研究使用许可的保护,这将需要在文件下载之前确认。”Bioconductor获得下载许可的前提是,商业用户在使用PBM数据时将与Bulyk实验室联系以获得具体许可。[http://the_brain.bwh.harvard.edu/] hPDI:“hPDI数据库中的内容对学术和非营利组织免费。用于商业目的的用户在下载数据集之前请联系作者。”stamlab:这些图案是ENCODE项目的一部分,因此是公开的。