1.12.1版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -小o装饰图案:基因组是明确显示为一个选项在loadVCFs () o装饰图案:mutiallelic网站目前不支持和bcftools可以作为解决方案的变化版本1.11.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - BUG修复o小错误固定:现在loadVCFs()正确覆盖vcf生成tabix文件如果临时使用dir。它阻止一个不太可能的但不必要的情况:当,在相同的R会话,用户更新VCF内容没有重命名它。在这种情况下,文件已经存在和新VCF / GZ文件没有被CNVfilteR。1.7.4版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -小啊小修复:删除“从装饰图案变化版本1.7.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -用户可见的明显变化o CNVfilteR specfically支持vcf洪流所产生的变异版本是1.7.2调用者变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - BUG修复o固定:解析一些已产生了一个意想不到的错误小啊小错误固定:停止信息不能完全显示在loadSNPsFromVCF()版本变化1.7.1上- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -小o引文udpated 1.5.2版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -用户可见的明显变化o loadCNVcalls()不检查基因拷贝数异变。装船时默认文件名(read.csv())基因拷贝数异变。文件o loadCNVcalls()允许可选check.names.cnvs.file参数更新装饰图案小o添加rmarkdown在1.5.1版本描述文件变化为推荐- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -阿BUG修复BUG修复:SNVs没有被正确加载后最后Bioconductor更新用户可见的明显变化o plotVariantsForCNV()允许两个新参数定制传奇可视化o plotAllCNVs()允许“基因组”参数与不同的基因组较小的小插曲修复o其他一些小的修正版本1.1.6变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -用户可见的明显变化o plotVariantsForCNV()允许多个视觉调整小o添加误差控制在loadVCFs():杂合的。范围和纯合子。1.1.5范围不能重叠变化版本- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -用户可见的明显变化o ignore.unexpected补充道。行参数loadCNVcalls()函数忽略CNV调用删除/复制值不是预期的一个。BUG修复o一些SNV呼叫者可以调用一个基因型,表明变异实际上不存在。变体GTs“。/ 0/0。1/0”现在丢弃。o某些SNV呼叫者可以产生SNV调用超过两个alt值(多个alt等位基因)。 These variants are now discarded. Changes in version 1.1.4 ------------------------- SIGNIFICANT USER-VISIBLE CHANGES o Improved CNVfilteR accuracy. margin.pct parameter was added to filterCNVs() and ht.deletions.threshold default value was modified to 30. o Loading variants process optimized (multiple times faster) o filterCNVs() function optimized o min.total.depth default value modified to 10 o Added multiple modifications to the vignette BUG FIXES o Fixed bug when plotting a CNV with no SNV variants falling in it Changes in version 1.1.3 ------------------------- BUG FIXES o Fixed bug when processing variants in the limits of heterozygous.range and heterozygous.range Changes in version 1.1.2 ------------------------- SIGNIFICANT USER-VISIBLE CHANGES o Added sample.name parameter to loadCNVcalls() function to allow explicitly setting sample name o deletion and duplication parameters can be vectors in loadCNVcalls() function, so multiple values are allowed BUG FIXES o Fixed bug happening in loadSNPsFromVCF() when ref and alt support was 0 o Fixed bug when processing list.support.field in loadSNPsFromVCF() o Added error control when allele frequency is not numeric o Minor fixes