###版本1.15.3附加功能:***错误修复:-从cgdsr(已废弃)切换到cBioportalData -各种美学调整到代码-错字纠正###版本1.15.2 Rebump ###版本1.15.1附加功能:- Protter仍然是包的一部分，但服务器返回错误经常***错误修复:-错误修复突变检索-各种美学调整的代码-更好的错误处理的getMutations，熵和prot1.13.0版本额外功能:***错误修复:-一些破碎的链接到其他包函数现在固定1.12.1版本额外功能:***错误修复:-更强大的访问cgdsr 1.11.1版本额外功能:***错误修复:-错误修复在。getMutations -更强大的突变下载###版本1.3.3 ###额外功能:***错误修复:-错误修复在. makeuniformmodel通用函数，因为零星崩溃1.3.2版本###附加函数:-添加引用错误修复:- lfm方法BUG时使用bw > 0 -小错字修复-添加上。***错误修复:-简化的小插图和示例在allPfamAnalysis和lfmSingleSequence 1.1.5版本###额外的功能:***错误修复:-错误处理的protter方法。当Protter服务器出了故障，它返回一个空的图像与文本## 1.1.4版本###附加函数:***错误修复:-删除加载LowMACA对象的allPfamAnalysis在vignette ## 1.1.3版本###附加函数:***错误修复:-删除写入LowMACA对象的allPfamAnalysis在vignette和在例子## 1.1.2版本###附加函数:***错误修复:-新的并行实现的allPfamAnalysis和lfmSingleSequence。嵌套并行部分避免和并行后端完全暴露给用户-小插图和示例中的并行化减少到2个核心### 1.1.0版本###附加功能:-新的lfmSingleSequence方法-新的lmPlotSingleSequence方法-新的allPfamAnalysis函数-新的检查LowMACA对象的一致性，当方法熵和mapMutations被调用-守恒现在是lmPlot的参数，nullProfile和熵方法也-增加了“数据”对齐选项:当Pfam和基因都被选中时，LowMACA使用整套Pfam序列来驱动对齐，然后过滤掉仅选中的序列。这样，Pfam模式中的每个序列将在多重对齐中具有相同的位置，忽略了为分析选择的序列子集。在Pfam模式下，增加了使用从Pfam网站(例如http://pfam.xfam.org/family/PF00001/hmm，用于构建PF00001的HMM)下载的HMM模型进行对齐的可能性。lmPlot可以将一致性序列分割成更小的片段，以提高图的可读性。LowMACA的小插图中包含了“allPfamAnalysis”功能的部分。 - Since "all" represents also the symbol of a kind of leukemia, the tumor type "all" was replaced by "all_tumors" - Improvements to the vignette (inclusion of protter plot) - Bug fix in lmPlot in reading boundaries of domains - Typing error in parallelize method documentation fixed - Some non-TCGA standard mutation types are now deleted from getMutations function ("Fusion" , "COMPLEX_INDEL" , "vIII deletion" , "Splice_Site_SNP" , "Indel") - NAMESPACE was improved removing the import of the whole motifStack package and Biostrings package - motifStack generic "plot" method was replaced with plotMotifLogo function to prevent conflicts with devtools load_all ### Version 1.2.1 ### Add CITATION after BMC Bioinformatics publication