1.34.0版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o删除用户可见的变化自动下载和安装BSgenome引用o选项添加到并行化qExportWig 1.30.0版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o binSize添加新特性参数qProfile 1.24.0版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o添加新特性支持拼接比对使用HISAT2(通过Rhisat2包)o从Rsamtools迁移到Rhtslib C库操作bam文件从RUnit testthat o o迁移单元测试忽略引用删除(BAM_CDEL) qCount (…reportLevel =“结”)的变化版本1.10.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -新特性o qExportWig获得createBigWig论点,现在可以创建直接要人文件o qQCReport现在也生产基地质量块bam-file项目抽样从bam文件读取o qCount qProfile和qExportWig获得includeSecondary参数包括/排除次要比对而计算版本1.8.0的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o出版的一篇论文描述了QuasR包已经发表(见引用(“QuasR”)): Gaidatzis d . et al ., 2015年生物信息学。doi: 10.1093 /生物信息学btu781 o开始实现新特性支持BiocParallel,也允许QuasR批集群上运行(支持目前限于qQCReport)版本1.4.0变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -阿新功能新论据mapqMin mapqMaxm qCount, qProfile, qMeth和qExportWig允许选择比对基于映射质量o qAlign收益checkone参数允许检查现有校准没有引发新的版本1.2.0比对以防失踪的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -阿新功能新miRNA-seq样本数据;装饰图案已经为ChIP-seq工作流、RNA-seq smRNA-seq / miRNA-seq Bis-seq和allele-specific分析o qMeth可以为单个分子甲基化状态报告(reportLevel =“对齐”)o qCount / qProfile增益参数忽略拼接读入数变化版本1.0.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -最初版本o ChIP-seq支持单头,paired-end和等位基因特定样本o RNA-seq支持拼接对齐,单头,paired-end和等位基因特定样本o Bis-seq支持单头,paired-end和特定等位基因样本