DeepSNV-用于亚克隆变体调用的R软件包。版本1.42.1（2022-05-31）的更改错误文件 *完全调整VCF创建以使用VariantAntation 1.27.6及以后的API（修复了损坏的VCF输出，如`## file fileformat = fileformat = fileformat = `） *修复崩溃时遇到没有NM字段的读取时 * FIX CRASS使用CentOS 8的GCC 8.3.1-4 *更正模板VCF文件'＃＃Chrom` header线条在版本1.34.1中更改（2020-05-27）bugFixes *在版本1.33.3中没有更改NM标签时，已固定问题 *添加了NM标签不匹配过滤器（max.mismatches =）版本1.33.2更新中的更改更新 *添加过滤器 *添加过滤器版本1.33.1中的SAM标志（keepflag =）更改的更改 * bugfixes *添加错误检查到SAM_ITR_NEXT（）版本1.29.1 bugfix中的更改 * bugfixes *添加了缺少#Chrom Line到模板VCF文件中的VCF文件1.27.3更新 *兼容性 *兼容性 *兼容性 *使用VariantAnnotation_1.27.6及以后的版本1.27.2更新 *更新 *添加了对重叠的读取对的支持版本1.21.4更新中的更改 *添加了绘制质量过滤器（MQ =）版本1.21.3更新中的更改 *添加了SAM Flag Mask Mask Filter（Mask =）版本1.21.1更新 *更新 *重新排列的代码提高版本1.15.1更新中BAM访问更改的速度 *适应VariantAntation的VCF类更改，以扩展远程符号exexperiment类，而不是版本1.14.2（2015-06-07）的bugfix中的摘要experiment更改 *修复版本1.14中的内存泄漏更改。1（2015-05-27）bugFixes *校正后链接到betabinom.o更改为1.13.8更新 * shearwater ml（inigo marticorena） * rhtslib支持（David Jones）版本1.11.1 bugfix中的更改 * bugfix * bugfix *摘要中的表...，value =“ vcf”）;感谢David Gacquer。版本1.7.4（2013-09-28）的更改更新 *仅使用DIRICHLET进行控制 *将Back版本编号从1.99.x更改为1.7.x（2.0不完全存在：）版本1.99.3（2013年）更改-07-25）更新 *对Shearwater Vignette的一些更改 *重命名为pi.gene pi.gene and pi.backgr in Makeprior（）bugfixes * bf2vcf（）中的bug filed bug当版本1.99.2中未称为更改（2013-07中）。-11）更新 *更新的引用 *添加了冗长的选项到bam2r中以抑制输出 *更改模式（）为“整数”，以供loadallData（）bugfixes的值 *修复错误时，当在版本1.99中仅调用一个变体。1（2013-06-25）更新 *使用knitr用于漂亮的小插图 *，包括shearwater vignette bugfixes *固定的问题bf2vcf（） * makeprior（） * makeprior（）在版本1.99.0（2013-04-30）中添加背景（2013-04-30）（2013-04-30））更新 *新的shearwater算法 *包括通过摘要（deepSNV，value =“ vcf”）更改版本1.3.3（2012-09-14）更新 *更改引用 *更新文档 *使用RoxyGen2更新的Biocviews *使用RoxyGen2生成MAN页面版本1.3.2（2012-04-10）更新 *新Devel版本，与版本1.2.3的版本1.2.3（2012-04）相同-10）bugfixes *固定的小插图 *由于自动化的Bioc版本编号1.0.0（2012-03-29）的更改而跳了几个数字 *添加了引用文件 * made News（此文件）R-RERABLE *更改 * Vignette更改 in version 0.99.3 Bugfixes * Fixed error in summary() when there were no significant SNVs. * Some fixes if only a single column of the alignment is selected Changes in version 0.99.2 (2012-01-20) Updates * Changed plot to S3 method (to avoid warning in R-devel) Changes in version 0.99.1 (2012-01-06) Updates * Added small .bam example files test.bam, control.bam with 100 positions. * Modified man pages for bam2R() * Modified man page for coordinates() * Corrected example of consensusSequence() * Compressed .RData files with tools::resaveRdaFiles * Changed vignette to attach data, rather than load remotely. * Argument "regions" of deepSNV can be a GRanges object. Changes in version 0.99.0 (2011-12-21) Updates * Added BiocViews field * Added HIVmix data * Added new examples * Registered bam2R with R_registerRoutines * New accessor functions "test", "control", "p.val", and "coordinates" * Updated vignette Changes in version 0.9.5 Updates * "summary" now reports additional columns from regions slot. Bugfixes * drop=FALSE in subsetting and summary. Changes in version 0.9.4 Updates * Directly link to static samtools library provided by Rsamtools * Load example .bam files over http Changes in version 0.9.3 * Added beta-binomial model * Extended documentation * Use summary instead of significantSNV Changes in version 0.9.2 * Minor bugfixes Changes in version 0.9.1 Minor bugfixes Changes in version 0.9.0 Pre-release