LowMACA依赖于三个外部资源才能正常工作。- Clustal Omega 1.2版本。x，我们信任的校准器(http://www.clustal.org/omega/) - Ghostscript，一个后记脚本解释器需要绘制徽标图(http://www.ghostscript.com/) - Protter，一个可视化的proteoform和预测序列注释的工具(http://wlab.ethz.ch/protter/start/) Clustal Omega是一个快速校准器，您可以从上面的链接下载。确保在PATH中有clustalo。Linux和MacOSX用户不要忘记执行chmod u+x clustalo命令。如果不想安装本地clustalo，可以使用clustal omega web服务，但是需要perl和XML::Simple和LWP模块。它们通常包含在每一个新的perl安装中。Ghostscript是postscript语言的解释器，它被R库grImport用于绘制logo图。它通常已经出现在大多数Unix操作系统中。-对于Linux用户，只需从http://ghostscript.com/download/gsdnld.html下载程序并编译它-对于MacOS用户，在http://pages.uoregon.edu/koch/有一个dmg安装程序-对于Windows用户，从http://ghostscript.com/download/gsdnld.html下载程序，然后你有三个选择:1。 Put C:/Program Files/gs/gs9.05/bin in your PATH once for all (Adjust the path to match your gs installation) 2. Run the command below at every new session of R # Needed only on Windows - run once per R session # Adjust the path to match your installation of Ghostscript > Sys.setenv(R_GSCMD = '"C:/Program Files/gs/gs9.05/bin/gswin32c.exe"') 3. Put the command showed above in your .Renviron file Protter is a cool predictor and visualizer of protein sequence secondary structures. It's a web-based tool and doesn't require any special setting except from a internet connection.