复杂光谱自动统计识别(ASICS)

方案描述

的R包亚瑟士是一个完全自动化的程序来识别和量化代谢物1 \ \ (^)生物混合物(Tardivelet al。, 2017)。它将通过快速准确地帮助专家获得代谢谱来增强基于nmr的代谢组学。除了定量方法外，还提供了几种允许对定量代谢物进行光谱预处理或统计分析的功能。

安装包后可以获得完整的ASICS用户指南。可以用以下方式打开:

图书馆(asic)ASICSUsersGuide（视图=假）

## [1] "/tmp/RtmpmoXPNj/Rinst3c7fe44671836d/ASICS/doc/ASICSUsersGuide.html"

主要功能的快速概述

方法从Bruker文件中导入数据importSpectraBruker函数。

current_path < -执行（“extdata”，“example_spectra”，包=“亚瑟士”）spectra_data < -importSpectraBruker(current_path)

然后，从数据帧中，a光谱对象被创建。这是量化所必需的一步。

spectra_obj < -createSpectra(spectra_data)

代谢物的鉴定和定量现在可以只使用该函数进行亚瑟士．

to_exclude < -矩阵（c（4．5，10)，ncol =2）resASICS < -亚瑟士(spectra_obj排斥。区域=to_exclude,verbose =假）

可以对定量结果进行一些分析功能。更多细节可以在使用真实数据集的用户指南中找到。

参考文献

李志强，李志强，李志强，李志强，李志强(2017)。ASICS:在复杂的一维1H NMR谱中识别和定量代谢物的自动方法。代谢组学，13(10): 109。https://doi.org/10.1007/s11306-017-1244-5