### R代码从vignette源的BBCAnalyzer。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:BBCAnalyzer。Rnw: 21 - 22 ################################################### 选项(宽度= 100 ) ################################################### ### 代码块2号:3安装(eval = FALSE ) ################################################### ## (“BBCAnalyzer BiocManager:安装 ") ################################################### ### 代码块3号:4加载 ################################################### 库(BBCAnalyzer ) ################################################### ### 代码块数量4:5 ################################################### sample_file < -系统。文件(“extdata”、“SampleNames.txt”、包=“BBCAnalyzer”)< - read.table样品(sample_file)样本 ################################################### ### 代码块5号:6 ################################################### target_file < -系统。文件(“extdata”、“targetRegions.txt”、包=“BBCAnalyzer”)targetRegions < - read.table targetRegions (target_file) ################################################### ### 代码块6号:7 ################################################### vcf_file < -系统。文件(“extdata”、“Example_IonTorrent。vcf”,包= " BBCAnalyzer”)vcf_IT < - read.table vcf_IT (vcf_file) ################################################### ### 代码块7号:8 ################################################### # 例二库(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19) ref_genome < -BSgenome.Hsapiens.UCSC。hg19 output1<-analyzeBases(sample_names=sample_file, bam_input=system.file("extdata"，package="BBCAnalyzer")， target_regions=target_file, vcf_input=""， output=system.file("extdata"，package="BBCAnalyzer")， output_pictures=""， known_file=system.file("extdata"，"dbsnp_138.part. vcf_gz "，package="BBCAnalyzer")， genome=ref_genome, MQ_threshold=60, BQ_threshold=50, frequency_threshold=0.01, qual_lower_bound=58, qual_upper_bound=63, marks=c(0.01)， relative=TRUE，per_sample = TRUE ) ################################################### ### 代码块8号:9 ################################################### 头(output1 [[1]] [[1 ]]) ################################################### ### 代码块9号:9 ################################################### 头(output1 [[2]] [[1 ]]) ################################################### ### 代码块10号:9 ################################################### 头(output1 [[1]] [[2 ]]) ################################################### ### 代码块11号:9 ################################################### 头(output1 [[2]] [[2 ]]) ################################################### ### 代码块12号:9 ################################################### 头(output1 [[3]] [[1 ]]) ################################################### ### 代码块13号: 9 ################################################### head(output1[[3]][[2]]) ################################################### ### code chunk number 14: 9 ################################################### head(output1[[4]][[1]]) ################################################### ### code chunk number 15: 9 ################################################### head(output1[[4]][[2]]) ################################################### ### code chunk number 16: Example2 (eval = FALSE) ################################################### ## analyzeBasesPlotOnly(sample_names=sample_file, ## vcf_input=system.file("extdata",package="BBCAnalyzer"), ## output="", ## known_file=system.file("extdata","dbsnp_138.part.vcf.gz",package="BBCAnalyzer"), ## output_list=output_list, ## qual_lower_bound=58, ## qual_upper_bound=63, ## marks=c(0.2,0.4,0.6,0.8,1), ## relative=FALSE, ## per_sample=FALSE) ################################################### ### code chunk number 17: Example3 (eval = FALSE) ################################################### ## output<-analyzeBases( ## sample_names=system.file("extdata","SampleNames_small.txt",package="BBCAnalyzer"), ## bam_input=system.file("extdata",package="BBCAnalyzer"), ## target_regions=system.file("extdata","targetRegions_small.txt",package="BBCAnalyzer"), ## vcf_input="", ## output=system.file("extdata",package="BBCAnalyzer"), ## output_pictures=system.file("extdata",package="BBCAnalyzer"), ## known_file="", ## genome=ref_genome, ## MQ_threshold=60, ## BQ_threshold=50, ## frequency_threshold=0.01, ## qual_lower_bound=58, ## qual_upper_bound=63, ## marks=c(0.01), ## relative=TRUE, ## per_sample=TRUE)