### R代码从vignette源的BadRegionFinder。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:BadRegionFinder。Rnw: 21 - 22 ################################################### 选项(宽度= 100 ) ################################################### ### 代码块2号:3安装(eval = FALSE ) ################################################### ## (“BadRegionFinder BiocManager:安装 ") ################################################### ### 代码块3号:4加载 ################################################### 库(BadRegionFinder ) ################################################### ### 代码块数量4:5 ################################################### sample_file < -系统。文件(“extdata”、“SampleNames2.txt”、包=“BadRegionFinder”)< - read.table样品(sample_file)样本 ################################################### ### 代码块5号:6 ################################################### target_regions < -系统。文件(“extdata”、“targetRegions2。， package = "BadRegionFinder") targetRegions <- read。表(target_regions头= FALSE, stringsAsFactors = FALSE) targetRegions ################################################### ### 代码块6号:7 ################################################### bam_input < -系统。文件(“extdata”,包=“BadRegionFinder”)coverage_summary < - determineCoverage(样例、bam_input targetRegions、”“特隆= FALSE) coverage_summary [[2 ]] ################################################### ### 代码块7号:7 ################################################### threshold1 < - 20 threshold2 < - 100 percentage1 percentage2 < < - 0.80 - 0.90 coverage_indicators < determineCoverageQuality (threshold1、threshold2 percentage1, percentage2, coverage_summary) coverage_indicators [[2 ]] ################################################### ### 代码块8号:8 ################################################### regionsOfInterest < -data.frame(对应= c(2, 2, 17),开始= c(198266420、198266420和198266420),结束= c(198267032、198267032和198267032))regionsOfInterest ################################################### ### 代码块9号: 9 ################################################### coverage_indicators_2 <- determineRegionsOfInterest(regionsOfInterest, coverage_indicators) coverage_indicators_2[[2]] ################################################### ### code chunk number 10: 10 ################################################### library(biomaRt) mart = useMart(biomart="ENSEMBL_MART_ENSEMBL",host="grch37.ensembl.org", path="/biomart/martservice",dataset="hsapiens_gene_ensembl") mart ################################################### ### code chunk number 11: 11 ################################################### badCoverageSummary <- reportBadRegionsSummary(threshold1, threshold2, percentage1, percentage2, coverage_indicators_2, mart, "") badCoverageSummary ################################################### ### code chunk number 12: 12 ################################################### coverage_indicators_temp <- reportBadRegionsDetailed(threshold1, threshold2, percentage1, percentage2, coverage_indicators_2, "", samples, "") coverage_indicators_temp[[2]] ################################################### ### code chunk number 13: 13 ################################################### badCoverageOverview <- reportBadRegionsGenes(threshold1, threshold2, percentage1, percentage2, badCoverageSummary, "") badCoverageOverview ################################################### ### code chunk number 14: 13 ################################################### plotSummary(threshold1, threshold2, percentage1, percentage2, badCoverageSummary, "") ################################################### ### code chunk number 15: 14 ################################################### plotDetailed(threshold1, threshold2, percentage1, percentage2, coverage_indicators_temp, "") ################################################### ### code chunk number 16: 15 ################################################### plotSummaryGenes(threshold1, threshold2, percentage1, percentage2, badCoverageOverview, "") ################################################### ### code chunk number 17: 16 ################################################### quantiles <- c(0.5) coverage_summary2 <- determineQuantiles(coverage_summary, quantiles, "") coverage_summary2[[2]]