### R代码从vignette源代码的'BasicSTARRseq。rnw ' ################################################### ### 代码块1号:BasicSTARRseq。rnw: 18日至19日 ################################################### 库(BasicSTARRseq ) ################################################### ### 代码块2号:BasicSTARRseq。rnw: 39-45 ################################################### starrseqFileName < -系统。文件(“extdata”、“smallSTARR。， package="BasicSTARRseq") inputFileName <- system. bat ")文件(“extdata”、“smallInput。bam”,包= " BasicSTARRseq”)STARRseqData(示例= starrseqFileName控制= inputFileName pairedEnd = TRUE ) ################################################### ### 代码块3号:BasicSTARRseq。rnw: 48-50 ################################################### STARRseqData(示例= starrseqFileName控制= inputFileName pairedEnd = FALSE ) ################################################### ### 代码块数量4:BasicSTARRseq。rnw: 53-57 ################################################### starrseqGRanges < -农庄(readGAlignmentPairs (starrseqFileName) inputGRanges < -农庄(readGAlignmentPairs (inputFileName))数据< - STARRseqData(示例= starrseqGRanges控制= inputGRanges)数据 ################################################### ### 代码块5号:BasicSTARRseq。rnw: 62 - 64 ################################################### 山峰< - getPeaks(数据)峰值 ################################################### ### 代码块6号:BasicSTARRseq。rnw: 105 - 106 ################################################### sessionInfo ()