3．1迅速的映射

我们将放弃CNTL类，当两个NCIT映射似乎匹配时，只使用第一个NCIT映射。

哪一个(map_tcga_ncit [,1］= =“CNTL”）map_tcga_ncit [-controlindex,1］map_tcga_ncit [-controlindex,3.］strsplit(ncitsites＂\ \|”）酸式焦磷酸钠(ssi,“(”，1）data.frame（代码=tcgacodes,oncotr_site =otree＄名字(网站),ncit =网站,stringsAsFactors =假）样本（seq_len（nrow(simpmap)),5),)

## code oncotr_site ## NCIT:C40217 UCEC子宫肌体子宫内膜基质和相关肿瘤## NCIT:C9383 READ直肠腺癌## NCIT:C6975 KIRP乳头状肾细胞癌## NCIT:C4146 KICH恐色肾细胞癌## NCIT:C4436 CHOL胆管癌## NCIT:C40217 NCIT:C40217 # NCIT:C9383 NCIT:C9383 ## NCIT:C4146 NCIT:C4146 # NCIT:C4436

我们现在有了从TCGA代码到NCIT站点的1-1映射。根据NCIT:C3263是“按部位划分的肿瘤”(实际上应该是“系统”)这一知识，这些部位可以根据器官系统进行分组。

otree＄孩子(“NCIT: C3263”] [[1]]#所有可能的系统otree＄祖先(simpmap＄ncit]酸式焦磷酸钠(allanc函数(x)相交(x, poss_sys) (1]）#忽视多样性unlist(otree＄名称(特定的))数据表(systab < -cbind(simpmapsys =sys))

胸腺瘤和间皮瘤本身都没有NCIT器官系统映射。

3.2聚合

我们现在有12种33种肿瘤类型。用于查找给定系统的TCGA代码的代码模式是:

% > %过滤器（grepl（“再生产”sys))

## code oncotr_site ncit ## ncit:C40195 ## ncit:C7550 OV卵巢浆腺癌ncit:C7550 ## ncit:C2919 PRAD前列腺腺癌ncit:C2919 ## ncit:C8591 TGCT睾丸生殖细胞肿瘤ncit:C8591 ## ncit:C42700 UCS子宫癌肉瘤ncit:C42700 # sys # ncit:C40195生殖系统肿瘤## ncit:C7550生殖系统肿瘤## ncit:C2919生殖系统肿瘤## ncit:C8591生殖系统肿瘤##C42700生殖系统肿瘤