### R代码来自Vignette Source'Chipcomp.rnw'#######################################################################################################################61 ############################## library（chipcomp）confs = makeConf（system.file（“ extdata”，“ conf.csv”，package =“ chipcomp”））conf = confs $ confs $ conf Design = confs $ design $ design #######################################chipcomp.rnw：64-76 #########################H3K27AC“，“ H3K27AC”，“ H3K27AC”），iPreads = System.File（“ Extdata”，C（“ Helas3.ip1.bed”，“ Helas3.ip2.bed”，“ K562.ip”，“ K562.ip1.bed”，“ K562”，“ K562。“ k562.ct.bed”），package =“ chipcomp”），peaks = system.file（“ extdata”，c（“ helas3.peak.bed”，“ helas3.peak.bed”，“ k562.peak.bed”，“ k562.peak.bed”），package =“ chipcomp”）conf $条件=因子（conf $条件）conf $ factor = factor = factor（conf $ action）design = as.data.frame（lapply（conf [，c（“条件”，“ factor”，“ factor”）]，as.numeric）-1设计= as.data.frame（model.matrix（〜条件，设计））############################################################################床”，物种=“ HG19”，Binsize = 1000）######################################################### ### code chunk number 5: figureexample ################################################### plot(countSet) ################################################### ### code chunk number 6: ChIPComp.Rnw:91-93 ################################################### countSet=ChIPComp(countSet) print(countSet) ################################################### ### code chunk number 7: ChIPComp.Rnw:97-98 ################################################### data(seqData) ################################################### ### code chunk number 8: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())