### R代码来自小插图来源的文案。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:style-Sweave ################################################### BiocStyle:乳胶 () ################################################### ### 代码块2号:负载。文案 ################################################### 库(文案 ) ################################################### ### 代码块3号:get.root.folder ################################################### 数据。文件夹< -工具::file_path_as_absolute (file.path (getwd ())) ################################################### ### 代码块数量4:preCopywriteR ################################################### preCopywriteR(输出。文件夹= file.path(data.folder), bin。大小= 20000,ref.genome = " mm10_4 ") ################################################### ### 代码块5号:列表。dirs ################################################### 列表。dirs (path = file.path (data.folder) full.names = FALSE) [2 ] ################################################### ### 代码块6号:列表。dirs ################################################### 列表。文件(path = file.path(data. path)文件夹,“mm10_4_20kb”),full.names = FALSE ) ################################################### ### 代码块7号:。黑名单 ################################################### (文件= file.path(数据加载。文件夹,"mm10_4_20kb", "blacklist.rda"))黑名单。画眉山庄 ################################################### ### 代码块8号:show.GC.mappa ################################################### (文件= file.path(数据加载。文件夹,"mm10_4_20kb", "GC_mappability.rda"))画眉山庄(1001:1011 ] ################################################### ### 代码块9号:创建。BiocParallelParam ################################################### 英国石油公司。bp. param <- SnowParam(workers = 1, type = "SOCK")参数 ################################################### ### 代码块10号:文案 ################################################### 路径< - SCLCBam: getPathBamFolder() < -样品清单。文件(path = path, pattern = "。bam$", full.names = TRUE)控件<- samples样本。control <- data.frame(samples, controls)Control = sample。control, destination.folder = file.path(data.folder), reference.folder = file.path(data.folder, "mm10_4_20kb"), bp.param = bp.param) ################################################### ### code chunk number 11: CNAprofiles.folder.contents ################################################### cat(list.files(path = file.path(data.folder, "CNAprofiles")), sep = "\n") ################################################### ### code chunk number 12: read.counts.example ################################################### read.table(file = file.path(data.folder, "CNAprofiles", "read_counts.txt"), header = TRUE)[1001:1006, ] ################################################### ### code chunk number 13: log2.read.counts.example ################################################### read.table(file = file.path(data.folder, "CNAprofiles", "log2_read_counts.igv"), header = TRUE)[817:822, ] ################################################### ### code chunk number 14: CNAprofiles.folder.contents ################################################### cat(list.files(path = file.path(data.folder, "CNAprofiles", "qc")), sep = "\n") ################################################### ### code chunk number 15: CNAprofiles.folder.contents ################################################### plotCNA(destination.folder = file.path(data.folder)) ################################################### ### code chunk number 16: CNAprofiles.folder.contents.2 ################################################### cat(list.files(path = file.path(data.folder, "CNAprofiles")), sep = "\n") ################################################### ### code chunk number 17: plots.folder.contents ################################################### cat(list.files(path = file.path(data.folder, "CNAprofiles", "plots")), sep = "\n") ################################################### ### code chunk number 18: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())