### r代码来自Vignette Source'ArtoFalignmentInr.rnw'########################################################### ###代码块编号1：artofalignmentinr.rnw：51-53 ##############################################################################################2：expr0 ############################库（编译））n2 < - 天花板（2^seq（5，13，length.out = n_points））n3 < - 天花板（2^seq（5，16，length.out = n_points））timings0 <-setNames（rep（0），长度（n0）），n0）timings1 < - setNames（rep（0，length（n1）），n1）timings2 < - setNames（rep（0，length（n2）），n2）timings3 < - setNames（rep（rep）0，长度（n3）），n3）for（i in seq_len（length（n0）））{for（j in 0：3）{n < - eval（parse（parse（text = paste = paste（“ n”，j，j，sep））=“”）））＃用15％距离字符串1 <-dnastringset模拟序列（paste（sample（dna_alphabet [1：4]），n [i]，替换= true），collapse =“”））string2 < - 替换（string1，at = iranges（sample（n [i]，天花板）（n [i]/5）），宽度= 1），sample（c（dna_alphabet [dna_alphabet [dna_alphabet [1：4]，“”），天花板（n [i]/5），替换= true））＃如果（j == 0）{timings0 [i] <-System.Time（pairwiseAlignment）使用两种方法对齐序列（string1，string2）））[[“ user.self”]]}} else if（j == 1）{timings1 [i] <-System.Time（align1，String1，String2，string2，drillict = c（-1e10，1e10，1e10，1e10，1e10）1e10），adnaind = na））[[“ user.self”]]} else if（j == 2）{timings2 [i] <-System.Time（align1，string1，string2，string2，arnchor = na））[[[[“ user.self”]]]} else {＃j == 3 Timings3 [i] <-System.Time（alignProfiles（String1，string2））[[“ user.self”]}}}}}}} c0 <-lm（timings00〜n0 + i（n0^2））c1 <-lm（timings1〜n1 + i（n1^2））c2 <-lm（timings2〜n2）c3 <-lm（timings3〜n3）n <-seq（1, 46340, length.out=1000) # prediction range plot(N0, timings0, xlab = "Sequence length (nucleotides)", ylab = "Elapsed Time (sec.)", main = "", ylim=c(range(timings0, timings1, timings2, timings3, predict(c2, data.frame(N2=46340)))), xlim=c(0, max(N3))) points(N, predict(c0, data.frame(N0 = N)), type="l", lty=3) points(N1, timings1, col="blue", pch=0) points(N, predict(c1, data.frame(N1 = N)), type="l", lty=3, col="blue") points(N2, timings2, col="red", pch=5) points(N, predict(c2, data.frame(N2 = N)), type="l", lty=3, col="red") N <- seq(1, max(N3), length.out=1000) # prediction range points(N3, timings3, col="green", pch=2) points(N, predict(c3, data.frame(N3 = N)), type="l", lty=3, col="green") legend("bottomright", c("Biostrings::pairwiseAlignment", "AlignProfiles (unrestricted, unanchored)", "AlignProfiles (restricted, unanchored)", "AlignProfiles (restricted, anchored)"), pch=c(1, 0, 5, 2), lty=3, col=c("black", "blue", "red", "green"), bg="white") ################################################### ### code chunk number 3: expr1 ################################################### library(DECIPHER) # specify the path to your sequence file: fas <- "< >“＃或查找本教程中使用的示例序列文件：fas <-system.file（“ extdata”，“ 50s_ribosomal_protein_l2.fas”，package =“ decipher”）dna <-ereddnastringset（fas）################################代码块编号4：expr2（eval = false）########################################################## dna <-AlignSeqs（DNA）＃直接对序列直接对齐序列而无需翻译## dna <-AlignTranslation（dna）＃对齐翻译，然后反向翻译## ## ##＃将对齐序列写入fasta file ## writexstringset（dna），file =“ < >“）############################################### ###代码块编号5：expr3（eval = false）#################################################＃## u_dna <-Alignseqs（u_dna）＃直接对序列直接对齐，无需翻译## dna <-u_dna [index] ## names（dna）<-名称（dna）＃重新复制对齐#######################################数字6：expr4（eval = false）######################################################## ## ##＃包含16s核糖体RNA序列## db <-system.file（“ extdata”，“ bacteria_175seqs.sqlite”，package =“ depipher”）## ## ## rna >“）## ## alignedrna <-Alignseqs（RNA）＃与RNA二级结构对齐############################################################# ###代码块数字7：expr6（eval = false）########################################################### dna1 < - dna [1：falm]＃上半场## dna2 < - dna [（半 + 1）：长度（dna）]＃下半部## ## ## aa1 <-AlignTranslation（DNA1，type =“ aastringset =” aastringset”）## aa2 < - aligntranslation（dna2，type =“ aastringset”）## aa <-AlignProfiles（aa1，aa2）＃对齐两个对齐#######################################################################################＃对齐DNA序列存储在单独的表中：## dbConn <-dbConnect（sqlite（），“：memory：”）## seqs2db（aa1，“ dnastringset”，dbconn，dbconn，“ aa1”seqs2db（aa2，“ dnastringset”，dbconn，“ aa2”，tblName =“ aa2”）## aligndb（dbconn，tblname = c（“ aa1”，“ aa2”），add2tbl =“ aa”，aa aa“ aa”，## type =“”，## type =“”，## type =“”，aastringset”）## aa <-SearchDB（dbConn，tblName =” aa“，type =“ aastringset”）## browsedb（dbconn，tblname =“ aa”）## dbdisconnect（dbconn）#########################################################################################树## gt < - lapply（order（width（dna），depesing = true），## function（x）{## attr（x，“ height”）<-0 ## attr（x，x，“ label”）在“）<-0.5 ## attr（gt，“构件”）< - 长度（DNA）## class（gt）< - “ dendragram” ## ## ##＃使用指南树作为对齐## dna <-的输入AlignTranslation（DNA，## Guidetree = GT，## Iterations = 0，## Repinement = 0）################################################################ ###代码块编号10：expr8（eval = false）#####################################################################################代码块编号11：expr9（eval = false）######################################################## ## DNA_adjusted <- AdjustAlignment(DNA) ################################################### ### code chunk number 12: expr10 (eval = FALSE) ################################################### ## DNA_staggered <- StaggerAlignment(DNA) ################################################### ### code chunk number 13: expr11 ################################################### db <- system.file("extdata", "Influenza.sqlite", package="DECIPHER") synteny <- FindSynteny(db, verbose=FALSE) synteny # an object of class `Synteny` InfluenzaA <- AlignSynteny(synteny, db, verbose=FALSE) unlist(InfluenzaA[[1]]) ################################################### ### code chunk number 14: expr12 ################################################### pairs(synteny, boxBlocks=TRUE) # scatterplot matrix ################################################### ### code chunk number 15: sessinfo ################################################### toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)