### R代码从vignette源的解密。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:破译。Rnw: 49-51 ################################################### 选项(继续= " ")选项(宽度= 80 ) ################################################### ### 代码块2号:启动 ################################################### 库(破译 ) ################################################### ### 代码块3号:expr1 ################################################### # 访问一个序列文件包含在包:创< -系统。文件(“extdata”、“Bacteria_175seqs。创”,包=“破译”)连接到数据库:dbConn < - dbConnect (SQLite(),“记忆:”)#序列导入序列数据库Seqs2DB (dbConn创,“基因库”,“细菌 ") ################################################### ### 代码块数量4:expr2 ################################################### BrowseDB (dbConn ) ################################################### ### 代码块5号:expr3 ################################################### l < - IdLengths (dbConn)头(l) Add2DB (l, dbConn, verbose = FALSE) BrowseDB (dbConn maxChars = 20 ) ################################################### ### 代码块6号:expr4 ################################################### r < - IdentifyByRank (dbConn水平= 3,add2tbl = TRUE) BrowseDB (dbConn maxChars = 20 ) ################################################### ### 代码块7号:expr5 ################################################### < - dna SearchDB (dbConn标识符=“拟杆菌门”)BrowseSeqs (subseq (dna、140、240 )) ################################################### ### 代码块8号:expr6 ################################################### getOption(“SweaveHooks”)[[“无花果”]]()d < - DistanceMatrix (dna,校正=“Jukes-Cantor verbose = FALSE) c < -线(myDistMatrix = d方法=“NJ”,截止= 0.05,showPlot = TRUE,详细= FALSE ) ################################################### ### 代码块9号:expr7 ################################################### dbDisconnect (dbConn ) ################################################### ### 代码块10号:sessinfo ################################################### toLatex (sessionInfo()、区域= FALSE)