### R代码来自vignette源代码的FindChimeras。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:FindChimeras。Rnw: 43-45 ################################################### 选项(继续= " ")选项(宽度= 80 ) ################################################### ### 代码块2号:启动 ################################################### 库(破译 ) ################################################### ### 代码块3号:expr1 (eval = FALSE ) ################################################### ## id < - dbGetQuery (dbRef选择标识符,起源从seq) # # id < -粘贴(id起源、美元id标识符美元,9月 =";") ## ## < - dna SearchDB (dbRef、类型=“DNAStringSet”,删除=“所有”)# # # # trainingSet < LearnTaxa (dna, id ) ################################################### ### 代码块数量4:expr3 (eval = FALSE ) ################################################### ## dbConn < dbConnect (SQLite (), ' < >”)# # Seqs2DB(“< >, FASTA dbConn , '') ################################################### ### 代码块5号:expr4 (eval = FALSE ) ################################################### ## 查询< - SearchDB (dbConn、删除=“所有”)# #集团< - IdTaxa(查询、trainingSet链=“顶级”,阈值= 0,处理器= 1)# #集团< -酸式焦磷酸钠(团体、函数(x)的尾巴(x美元分类单元,n = 1) # #集团< - data.frame(标识符=组,row.names = seq_along(组),stringsAsFactors = FALSE) # # Add2DB(组,dbConn ) ################################################### ### 代码块6号:expr7 (eval = FALSE ) ################################################### ## # 全长序列# #嵌合体< FindChimeras (dbConn dbFileReference = dbRef add2tbl = TRUE ) ################################################### ### 代码块7号:sessinfo ################################################### toLatex (sessionInfo()、区域= FALSE)