## ---- echo= FALSE,hide=TRUE, message=FALSE, warning=FALSE-------------------- library(ELMER.data) library(ELMER) library(DT) library(dplyr) library(BiocStyle) ## ----eval=TRUE, message=FALSE, warning=FALSE, results= "hide"-------------- #从前面的部分加载结果mae <- get(Load ("mae.rda")) ## ----results='hide'， echo=TRUE, message=FALSE, warning=FALSE, fig.height=5，fig.cap="每个散点图显示了所有LUSC样本中探针cg19403323的甲基化水平，与20个相邻基因中的一个表达作对比。"——散射。plot(data = mae, byProbe = list(probe = c("cg19403323")， numFlankingGenes = 20)， category =" definition"， lm =TRUE， #绘制线性回归曲线save = FALSE) ## ----results='hide'，eval=TRUE, fig.cap="散点图显示了一个示例探针cg19403323在所有LUSC样本中的甲基化水平，与假定的目标基因SYT14的表达作对比。"——散射。plot(data = mae, byPair = list(probe = c("cg19403323")， gene = c("ENSG00000143469"))， category =" definition"， save =TRUE, lm_line =TRUE) ## ----eval=TRUE, warning=FALSE, fig.cap="每个散点图分别显示了所有LUSC样本中第一个富集基序位点的平均甲基化水平与转录因子TP53、SOX2的表达的关系。"---- load("result/ getmotif . sub . enrichment .motifs.rda") names(enrichment .motif)[1]散点。plot(data = mae, byTF = list(TF = c("TP53"，"SOX2")， probe = enrice .motif[[names(enrice .motif)[1]]]))， category = "definition"， save = TRUE, lm_line = TRUE)