来自Vignette源'govis.rnw'################################################代码块号1：设置#################################################库（“BioBase”）库（“注释”）库（“GOSTATS”）库（“XTable”）库（“Multtest”）库（“rghraphviz”）库（“hgu95av2.db”）库（“go.db”）库（“genefilter”）库（“全部”）#############################################代码块号2：示例##########################################################################################################＃兴趣子集：37 + 42样本数据（全部）ESET < - All [，相交（Grep（“^ b”，As.Character（All $ BT）），哪个（AS.Character（全部$摩尔）％％c（“bcr / abl”，“neg”，“all1 / af4”）））] Mb =因子（ESET $ MOL.BIO）##在至少7个样品F1 < - Kovera（7）中高于100的强度（7，log2（100））f2 =函数（x）{gps = split（2 ^ x，mb）;mns = sapply（gps，意思是）;if（max（mns） - min（mns）<100）false else} ff < - filterfun（f1，f2）所选< - genefilter（eset，ff）和（选择）Esetsub < - Eset [选择，] ############################################################################################################代码块号3：MTFSTATS ######################################### pvcutoff = 0.05 fstats = mt.maxt（exprs（esetsub），as.numeric（mb）-1，b = 1000，test =“f”）eset = esetsub [fstats $ depent [fstats $ jatp. 0 &&！is.na（x [1]））gbp = gbp [hasbp] ggs = lapply（igenes [hasbp]，mapegograph，“bp”，chip =“hgu95av2.db”）##您也可以做GGX =Lapply（GBP，GEGRAGH，GOBPPARTENTS）##并且应该得到同样的事情SIMATM1 =矩阵（1，NR = SUM（HASBP），NC = SUM（HASBP））（I IN 1：SUM（HASBP））for（J在1：SUM（HASBP））如果（i == j）下一个elys simatm1 [i，j] = simui（ggs [[i]]，ggs [[j]]）库（“rbgl”）simatm2 =矩阵（1，nr = sum（hasbp），nc = sum（hasbp））for（i在1：sum（hasbp））for（j在1：sum（hasbp））（i == j）下一个其他{simatm2 [I，J] = SIMLP（GGS [[I]]，GGS [[J]]）} #############################################代码块号13：