# #——警告= FALSE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(GenomicDataCommons)库(宠物猫)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - grep_fields(“基因”、“符号”)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -头(available_values(“基因”、“符号”))# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tp53基因()| = > GenomicDataCommons::过滤器(= = tp53的象征)| >结果(大小= 10000)| > as_tibble() # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -地对地导弹()| > GenomicDataCommons::过滤器(染色体= = paste0(“空空”,tp53 gene_chromosome美元[1])& start_position > tp53 gene_start美元[1]& end_position < tp53 gene_end美元[1])| > GenomicDataCommons:: count() # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -地对地导弹()| > GenomicDataCommons::过滤器(consequence.transcript.gene。符号% % c (TP53)) | > GenomicDataCommons:: count() # #——警告= FALSE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(VariantAnnotation) var =地对地导弹()| > GenomicDataCommons::过滤器(consequence.transcript.gene。符号% % c (TP53)) | > GenomicDataCommons:: results_all () | > as_tibble () # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - vr = VRanges (seqnames = var染色体,美元范围= IRanges(开始= var start_position美元,宽度= 1),ref = var reference_allele美元,alt = var tumor_allele美元)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ssm_occurrences () | > GenomicDataCommons::过滤器(ssm.consequence.transcript.gene。符号% % c (TP53)) | > GenomicDataCommons:: count () # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - var_samples = ssm_occurrences () | > GenomicDataCommons::过滤器(ssm.consequence.transcript.gene。符号% % c (TP53)) | > GenomicDataCommons::扩大(c(“案例”,“导弹”,“case.project”)) | > GenomicDataCommons:: results_all () | > as_tibble() # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -表(var_samples案例disease_type美元)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -帧()% > < -文件% GenomicDataCommons::过滤器(cases.project。project_id = =‘TCGA-SKCM & data_format = =”加“& data_type = = &分析蒙面的体细胞突变。workflow_type = =整除合奏体细胞变异合并和掩蔽)% > %结果(大小= 1)% > % id () % > % gdcdata缓存= TRUE() # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(maftools)黑色素瘤=阅读。加于=帧)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - maftools:: oncoplot(黑色素瘤)