### R代码来自vignette的源代码'GreyList-demo。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:风格 ################################################### BiocStyle:乳胶 () ################################################### ### 代码块数量2:创建 ################################################### 图书馆(GreyListChIP) < -道路系统。文件(“额外”、包=“GreyListChIP”)fn < - file.path(路径,“karyotype_chr21.txt”)gl < -新(“GreyList karyoFile = fn ) ################################################### ### 代码块3号:计数(eval = FALSE ) ################################################### ## myBamFile.bam gl < countReads (gl。 ") ################################################### ### 代码块4号:假的 ################################################### gl@counts < rnbinom(长度(gl@tiles),大小= 1.08μ= 11.54 ) ################################################### ### 代码块5号:阈值 ################################################### gl < - calcThreshold (gl,代表= 10,sampleSize = 1000, p = 0.99,核= 1 ) ################################################### ### 代码块6号:makeGrey ################################################### gl < - makeGreyList gl (gl, maxGap = 16384) ################################################### ### 代码块7号:出口(eval = FALSE ) ################################################### ## 出口(gl,反对= " myGreyList.bed ") ################################################### ### 代码块8号:onestep (eval = FALSE ) ################################################### ## 库(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19) # # gl < - greyListBS (BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19, myBamFile.bam) # # (gl,反对= " myGreyList.bed出口 ") ################################################### ### 代码块9号:sampleData ################################################### # 加载一个预构建GreyList对象命名为“gl”数据(GreyList)打印(gl ) ################################################### ### 代码块10号:sessionInfo ################################################### toLatex (sessionInfo ())