### R代码来自Vignette Source'hic_analysis.rnw'########################################################################################################################################################require（hicdatahumanimr90）数据（dixon2012_imr90）show（hic_imr90_40）类（intdata（hic_imr90_40 $ chr1chr1））object.size（hic_imr90_40）###########################################################数据完成（即由Intra Intra组成 +相关的染色体图）ISComplete（HIC_IMR90_40）##请注意，一个完整的对象不一定是成对的##（Chr1-CHR2和Chr2-CHR1都存储了？哪些染色体？seqlevels（HIC_IMR90_40）## ##有关给定地图细节的详细信息（HIC_IMR90_40 $ CHR6CHR6）##描述性统计数据负责人（摘要（HIC_IMR90_40）###################################################################################################22，x）在较低分辨率的sset < - 降低（hic_imr90_40，chr = c（“ chr5”，“ chr6”，“ chr7”））IMR90_500 <-htclist（lapply（lapply（sset，binningc，binningc，binningc，binningc，binsize = 500000，binjust = 500000，adjust = adjust = adjust =false，method =“ sum”，步骤= 1））mapc（imr90_500）############################################################### ###代码块数字5：plot2 ####################################################################################################################### ## Example on chromosome X ## GRanges of restriction fragments after HindIII digestion resFrag <- getRestrictionFragmentsPerChromosome(resSite="AAGCTT", overhangs5=1, chromosomes="chr6", genomePack="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18") resFrag ################################################### ### code chunk number 7: annot ################################################### ## Annotation of genomic features for LGF normalization ## Example on chromosome 6 ## Load mappability track require(rtracklayer) ##map_hg18 <- import("wgEncodeCrgMapabilityAlign100mer_chr6.bw",format="BigWig") map_hg18 <- NULL cutSites <- getAnnotatedRestrictionSites(resSite="AAGCTT", overhangs5=1, chromosomes="chr6", genomePack="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18", wingc=200, mappability=map_hg18, winmap=500) head(cutSites) ## Annotation of Hi-C object imr90_500_chr6annot <- setGenomicFeatures(imr90_500$chr6chr6, cutSites) y_intervals(imr90_500_chr6annot) ################################################### ### code chunk number 8: normLGF (eval = FALSE) ################################################### ## ## LGF normalization ## imr90_500_LGF <- normLGF(imr90_500_chr6annot) ################################################### ### code chunk number 9: normICE ################################################### imr90_500_ICE <- normICE(imr90_500, max_iter=10) mapC(HTClist(imr90_500_ICE$chr6chr6), trim.range=.95, col.pos=c("white", "orange", "red", "black")) ################################################### ### code chunk number 10: tads ################################################### hox <- extractRegion(hic_imr90_40$chr6chr6, chr="chr6", from=50e6, to=58e6) plot(hox, maxrange=50, col.pos=c("white", "orange", "red", "black")) ################################################### ### code chunk number 11: di ################################################### di<-directionalityIndex(hox) barplot(di, col=ifelse(di>0,"darkred","darkgreen")) ################################################### ### code chunk number 12: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)