# #——回声= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(KinSwingR)数据(example_phosphoproteome)数据(phosphositeplus_human) #查看数据集:头(example_phosphoproteome)头(phosphositeplus_human) # #样品100数据点示范sample_data < -头(example_phosphoproteome, 1000) #随机样本用于demosntration set.seed (1234) sample_pwm <——phosphositeplus_human[样本(nrow (phosphositeplus_human), 1000),] #视觉主题,样品只有CAMK2A CAMK2A_example < - phosphositeplus_human [phosphositeplus_human [1] = =“CAMK2A”) # #——回声= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - annotated_data < cleanAnnotation (input_data = sample_data annotation_delimiter =“|”, multi_protein_delimiter =”:“multi_site_delimiter =”;“seq_number = 4,替换= TRUE, replace_search = " X ", replace_with =“_”)负责人(annotated_data) # #——回声= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - pwm < - buildPWM (sample_pwm) # #——回声= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -头(pwm激酶美元)# #——回声= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAMK2A_pwm < - buildPWM (CAMK2A_example) CAMK2A < - viewPWM (CAMK2A_pwm which_pwm =“CAMK2A view_pwm = TRUE, color_scheme =“美观”)# #——回声= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #作为控制的一个例子多核处理#加载BiocParallel库库(BiocParallel) #最后/注册核的数量设置为使用寄存器(SnowParam(工人= 4))#为可再生的种子结果set.seed得分(1234)<——scoreSequences (input_data = annotated_data pwm_in = pwm, n = 100) # #——回声= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # BiocParallel库加载后,设置/注册核使用寄存器的数量(SnowParam(工人= 4))# set.seed设置种子可重复的结果(1234)swing_out <——摇摆(input_data = annotated_data pwm_in = pwm, pwm_scores =分数排列= 10)#这将产生两个表,一个是网络使用例如Cytoscape,另一个是分数。访问的分数:头(swing_out几十美元)