# #——加载方案,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(LinTInd) # #——消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - < -paste0(系统数据。文件(“extdata”,包=“LinTInd”),“/ CB_UMI”) fafile < -paste0(系统。文件(“extdata”,包=“LinTInd”),“/ V3.fasta”) cutsite < -paste0(系统。文件(“extdata”,包=“LinTInd”),“/ V3.cutSites”) celltype < -paste0(系统。文件(“extdata”,包=“LinTInd”), < -read.table / celltype.tsv)数据(数据,9月=“t \”,头= TRUE) ref < -ReadFasta (fafile) cutsite < -read.table (cutsite col.names = c (“indx”、“开始”、“结束”))celltype < -read.table (celltype头= TRUE, stringsAsFactors = FALSE) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -头(数据,3)ref cutsite头(celltype, 3) # #——找到indels并生成字符串数组形式,信息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - scarinfo < -FindIndel (data =数据,scarfull = ref,疤痕= cutsite indel.coverage =“所有”,类型=“测试”,cln = 1) scarinfo < -IndelForm (scarinfo cln = 1) # #——IndelIdents,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cellsinfo < -IndelIdents (scarinfo method.use =“umi.num cln = 1) # #——IndelPlot - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - IndelPlot (cellsinfo = cellsinfo) # #——TagProcess - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -标签< -TagProcess (cellsinfo $ info,细胞= celltype) # #——TagDist - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tag_dist = TagDist(标签,方法=“Jaccard”) tag_dist # #——BuildTree - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - treeinfo < -BuildTree(标签)# #——PlotTree - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plotinfo < -PlotTree (treeinfo = treeinfo数据。提取= " TRUE ",注释= " TRUE ") plotinfo $ p # #——sessionInfo,回声= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()