### R代码从vignette源的MBttest。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:风格 ################################################### BiocStyle::乳胶(use.unsrturl = FALSE ) ################################################### ### 代码块2号:选项 ################################################### 选项(宽度= 72)选项(showHeadLines = 3)选项(showTailLines = 3 ) ################################################### ### 代码块3号:mbt。Rnw: 57-59 ################################################### set.seed(宽度= 90(102)选项 ) ################################################### ### 代码块数量4:mbt。Rnw: 62 - 63 ################################################### 库(mbt ) ################################################### ### 代码块5号:mbt。Rnw: 68 - 70 ################################################### 数据(jkttcell) jkttcell [1:10 ,] ################################################### ### 代码块6号:mbt。Rnw: 75 - 76 ################################################### 头(jkttcell ) ################################################### ### 代码块7号:mbt。Rnw: 99 - 100 ################################################### sjknull1 <装病者(yy = jkttcell (1:50 0,), nci = 7, r1 = 3, r2 = 3, p = 0, q = 0.2 ) ################################################### ### 代码块8号:mbt。Rnw: 115 - 116 ################################################### mysim1 < -smbetattest (X = sjknull1, na = 3, nb = 3,α= 0.05 ) ################################################### ### 代码块9号:mbt。Rnw: 172 - 173 ################################################### res < -mbetattest (X = jkttcell 1:1000,, na = 3, nb = 3, W = 1,α= 0.05,=“jurkat_NS_48h_tag_mbetattest.csv文件 ") ################################################### ### 代码块10号:mbt。Rnw: 177 - 179 ################################################### 数据(dat)头(dat ) ################################################### ### 代码块11号:MAplot ################################################### maplot (dat = dat, r1 = 3, r2 = 3, TT = 350,马matitle = "阴谋 ") ################################################### ### 代码块12号:figMAplot ################################################### maplot (dat = dat, r1 = 3, r2 = 3, TT = 350,马matitle = "阴谋 ") ################################################### ### 代码块13号:MAplot50 ################################################### maplot (dat = dat, r1 = 3, r2 = 3, TT = 50, matitle = "马情节 ") ################################################### ### 代码块14号:figMAplot50 ################################################### maplot (dat = dat, r1 = 3, r2 = 3, TT = 50, matitle = "马情节 ") ################################################### ### 代码块数量15:heatmapwithtree ################################################### myheatmap (dat = dat, r1 = 3, r2 = 3, maptitle = " Jurkat t细胞heatmap2 ") ################################################### ### 代码块16号:figheatmapwithtree ################################################### myheatmap (dat = dat, r1 = 3, r2 = 3, maptitle = " Jurkat t细胞heatmap2 ") ################################################### ### 代码块数量17:heatmapwithouttree ################################################### myheatmap (dat = dat, r1 = 3, r2 = 3,树=“没有”,maptitle = " Jurkat t细胞heatmap3 ") ################################################### ### 代码块18号:figheatmapwithouttree ################################################### myheatmap (dat = dat, r1 = 3, r2 = 3,树=“没有”,maptitle = " Jurkat t细胞heatmap3 ") ################################################### ### 代码块编号19:heatmapwithcoltree ################################################### myheatmap (dat = dat, r1 = 3, r2 = 3, colrs =“redblue”,树=“列”,方法=“培生”,maptitle = " Jurkat t细胞的热图 ") ################################################### ### 代码块数量20: figheatmapwithcoltree ################################################### myheatmap(dat=dat,r1=3,r2=3,colrs="redblue", tree="column", method="pearson", maptitle="Jurkat T-cell heatmap") ################################################### ### code chunk number 21: MBttest.Rnw:261-262 ################################################### sessionInfo()