2.1读取数据

我们首先使用原始行为读取数据readMSData函数通过设置模式参数“inMemory”生成ms2级原始数据的内存表示，并测量该操作所需的时间。

系统。时间(inmem <- readMSData(f, msLevel = 2, mode = "inMemory"， centroided = TRUE))

##用户系统运行## 5.592 0.271 5.857

接下来，我们使用readMSData函数来生成相同数据的磁盘表示模式= " onDisk "．

系统。time(ondisk <- readMSData(f, msLevel = 2, mode = " ondisk "， centroided = TRUE))

##用户系统运行## 1.673 0.120 1.786

在磁盘上创建实验要快得多，而且可以扩展到更大的、多文件的数据，就对象创建时间和对象大小而言都是如此(见下一节)。当然，我们必须确保这两个数据集是等价的:

所有人。平等(inmem ondisk)

# # [1]

2．2数据大小

要比较这两个对象在内存中占用的大小，我们将使用object_size函数的pryr包，其中占数据(光谱)在assayData环境(相对于object.size函数的跑龙套包)。

库(pryr) object_size (inmem)

# # 2768208 B

object_size (ondisk)

# # 238248 B

这种差异可以用for这个事实来解释ondisk，光谱不被创建并存储在内存中;它们在需要时访问磁盘，例如绘图:

plot(inmem[[200]]， full = TRUE)

2．3访问光谱

磁盘上表示的缺点是频谱数据必须实际访问。为了比较访问时间，我们将使用微基准测试并重复访问10次，以比较访问所有451和内存中的单个频谱(即预加载和构造的)和磁盘上的(即动态访问)。

Library ("microbenchmark") MB <- microbenchmark(spectra(inmem)， inmem[[200]]， spectra(ondisk)， ondisk[[200]]， times = 10) MB

##单位:microseconds ## expr min lq平均中位uq #光谱(inmem) 75.329 75.775 375.2528 199.7685 437.467 ## inmem[[200]] 26.668 29.897 70.0799 82.8100 87.235 #光谱(ondisk) 430360.994 439915.567 446851.1825 447020.1265 453917.473 ## ondisk[[200]] 238740.755 241569.416 251627.4625 246778.2525 255696.181 # max neval cld ## 1666.95 10 a ## 108.94 10 a ## 463362.69 10 c# # 293274.71 10 b

虽然与预先生成的光谱相比，动态访问数据需要花费更多的时间，但访问所有光谱只比访问所有光谱稍慢，因为大部分时间都花在准备访问文件上，而这只需要一次。

磁盘上的访问性能将取决于磁盘的读吞吐量。从内部固态驱动器和从连接USB3的硬盘导入上述文件的数据的比较显示只有很小的差异onDisk模式(1.07vs1.36秒)，而在访问单个或所有光谱时没有观察到差异。因此，对于这种特定的设置，SSD和HDD的性能基本相同。然而，这可能不适用于从多个文件并行执行数据导入的设置。

数据访问不禁止交互使用，例如绘图，因为它大约需要1/2秒，这是一个相对罕见的操作，相比之下，对磁盘上的数据进行分组和过滤更快:

I <- sample(length(inmem)， 100) system.time(inmem[I])

##用户系统运行## 0.104 0.000 0.103

system.time (ondisk[我])

##用户系统运行## 0.012 0.001 0.012

对光谱数据的操作，如峰的选择，平滑，清洁，…被巧妙地缓存，只在数据被访问时应用，以最小化文件访问开销。最后，特定的操作，例如定量(见下一节)，会根据速度进行优化。

2.4一份定量

下面，我们对前100个光谱进行TMT 6-plex报告离子定量，并验证结果相同(忽略特征名称)。

系统。时间(eim <- quantify(inmem[1:100]， reports = TMT6, method = "max"))

##用户系统运行## 4.637 0.459 1.466

系统。time(eod <- quantify(ondisk[1:100]， reports = TMT6, method = "max"))

##用户系统运行## 0.310 0.137 0.403

所有人。等于(eim爆炸品处理,检查。属性= FALSE)

# # [1]

3．1女士的水平

磁盘上在一个对象中支持多个MS级别，而内存中只支持单个级别。虽然可以将对多个MS级别的支持添加到内存中的后端，但内存限制使这几乎毫无用处，而且很可能永远不会发生。

3.2连载

内存中对象可以save ()埃德和load ()艾德,而磁盘上不能。作为一种变通办法，后者可以被强制内存中与实例(,“MSnExp”)．我们需要mzML写的支持mzR以便能够实现序列化磁盘上数据。

3．3数据处理

只要可能，访问和处理磁盘上数据延迟(懒惰的处理)。这些操作存储在处理队列直到光谱被有效地实例化。

3.4有效性

的磁盘上validObject方法不能验证光谱的有效性(因为没有任何光谱可以检查)。的validateOnDiskMSnExp函数，另一方面，实例化所有的光谱并检查它们的有效性(除了调用validObject)．